中高分辨率分型法分析中国人群HLA-B15群多态性

中高分辨率分型法分析中国人群HLA-B15群多态性

一、应用中高分辨率分型方法分析中国人群HLA-B15组的多态性(论文文献综述)

裴永峰,余梅[1](2021)在《人类白细胞抗原分型检测与白血病相关性的研究进展》文中进行了进一步梳理人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)是人类的主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC),目前其分型检测方法以低分辨率的聚合酶链反应-序列特异性引物(low-resolution polymerase chain reaction-sequence specific primer,PCR-SSP)和高分辨率的聚合酶链反应-直接测序分型(high-resolution ppolymerase chain reaction-direct sequencing typing,PCR-SBT)为主。白血病的发病机制尚不完全清楚,研究发现,HLA是白血病重要的遗传因素。许多HLA基因与白血病的发生具有遗传易感或拮抗作用,一些HLA分子与白血病的诊断、治疗及预后关系密切。本文对近年来有关HLA分型检测与白血病相关性的研究进展作一综述,为白血病发病机制、诊断及其预防等的研究提供参考。

桑国鑫[2](2021)在《中国不同民族群体KIR基因及其HLA配体的多态性研究》文中研究表明[目 的]KIR和HLA是关键的免疫系统基因,其等位基因多态性可影响基因功能,与感染性和非感染性疾病的病理生理过程密切相关。我国不同地区、不同民族群体间等位基因的分布及其频率具有差异性,KIR基因和HLA基因多态性的研究对深入了解免疫系统基因遗传多样性与环境和疾病的相互作用具有重要意义。前期的研究已积累了我国部分民族和地区群体中KIR基因和HLA基因多态性数据,但仍有较多的民族群体中这两个关键基因的遗传多态性数据尚需补充,从而不断揭示基因分布特征和配体受体共进化特征。为此,本研究基于中华民族永生化细胞库遗传资源,对我国云南地区德昂族、景颇族、阿昌族、傣族、拉祜族、纳西族、普米族和瑶族,贵州地区布依族和水族,新疆地区塔吉克族和锡伯族,内蒙古地区达斡尔族和鄂伦春族,甘肃地区东乡族,海南地区黎族,青海地区撒拉族和四川地区羌族共8个地区的18个民族群体进行KIR基因多态性检测,并分析位于云南西南德宏地区的德昂族、景颇族、阿昌族和傣族共4个民族群体的HLA基因多态性以及KIR-HLA配体受体相互关系。[方 法](1)源于18个民族群体共1029个个体的EB病毒转化的永生化B淋巴细胞株选自中华民族永生细胞库(中国医学科学院医学生物学研究所)。采用PCR-SSP法对16个KIR基因进行分型。(2)采用高通量全外显子组测序(WES)结合HLAreporter.v103生物信息分析的方法进行HLA-I类基因等位基因分型。(3)采用SPSS 24对频率分布的显着性进行卡方检验。(4)采用PHYLIP 3.6、MEGA7对本研究的18个群体和20个已报道群体共38个群体的9个共有的KIR基因频率构建KIR基因进化树。(5)采用R3.6.1对本研究的18个民族群体和20个前期报道群体共38个民族群体的9个共有KIR基因频率进行主成分分析。(6)采用R 3.6.1软件对本研究的4个云南西南地区(德宏)群体和10个已报道群体共14个群体的KIR和HLA携带者频率进行相关性分析。[结 果]18个民族群体KIR基因多态性结果(1)18个民族群体1029例样本中共检出123种KIR基因型,东乡族群体中检出的基因型最多(34种),达斡尔族、羌族、撒拉族、锡伯族4个群体中检出的基因型最少(6种)。(2)在东乡族、德昂族、布依族等13个群体中,A单倍型的频率要高于B单倍型的频率,尤其是达斡尔族群体A单倍型频率为89%,B单倍型频率为11%。而在阿昌族、景颇族、瑶族、鄂伦春族、塔吉克族5个群体中A单倍型与B单倍型频率无统计学差异,A与B单倍型频率均在50%左右。(3)激活性KIR基因中,2DS1、2DS2、2DS3、2DS4、2DS5的基因频率在不同民族群体中存在差异,而3DS1基因在不同民族群体中的频率无统计学差异。抑制性KIR基因中,2DL2、3DL1、2DL3、2DL5的基因频率在不同民族群体中存在差异,尤其是2DL2基因。而2DL1、2DL3、2DL4、3DL2、3DL3、2DP1、3DP1基因频率在不同民族群体中的分布未见统计学差异。同时发现激活性KIR基因2DS1、2DS2、2DS3、2DS5和3DS1的基因频率要远小于抑制性KIR基因频率(2DL2、2DL5除外)。(4)对本研究中的18个民族群体和既往研究报道的20个民族群体共38个民族群体的KIR基因频率进行主成分分析时发现,KIR基因分布与语系、地理位置的关系未呈现显着的关联性。(5)对本研究中的18个民族群体和既往研究报道的20个民族群体共38个民族群体KIR基因频率数据计算遗传距离并绘制KIR基因进化树,也未发现明显的语系及地理聚集现象。云南西南地区的景颇族、德昂族、阿昌族和傣族HLA多样性分析结果:(1)四个民族群体中共检出25种HLA-A等位基因、52种HLA-B等位基因、24种HLA-C等位基因。其中HLA-A、HLA-B、HLA-C等位基因在景颇族中分别检出17、27和14种;在德昂族中分别检出16、28和18种;在阿昌族中分别检出15、26和18种;在傣族分别检出15、32和14种。(2)通过统计学分析,共有6个HLA-A等位基因、4个HLA-B等位基因、4个HLA-C等位基因(A*02:01、A*02:07、A*11:01、A*11:50、A*24:02、A*24:07、B*15:02、B*15:32、B*38:02、B*46:01、C*01:02、C*04:03、C*07:02、C*12:03)在四个群体间的分布具有统计学差异,但相应的表位在四个民族群体间的频率分布无统计学差异(HLA-A-Bw4、HLA-B-Bw4、HLA-C1 和 HLA-C2)。此外,四个民族群体中的高频等位基因种类及顺位均存在差异。(3)对本研究中的4个民族群体和既往研究报道的10个民族群体共14个民族群体的KIR和HLA携带者频率进行相关性分析时,发现2DL1和C2之间出现显着的负相关。[结 论](1)本研究进一步丰富了中国不同民族群体KIR和HLA的遗传多样性数据,结果表明KIR和HLA基因在不同民族群体中呈现出较大的差异,多样性可能与民族源流和环境选择压力等因素有关;(2)云南西南地区的景颇族、德昂族、阿昌族和傣族群体中HLA等位基因分布存在差异,但HLA表位分布无统计学差异,这表明云南西南地区HLA等位基因的多态性可能主要影响HLA配体与KIR受体结合的强度,而对其结合的KIR受体种类无显着影响;(3)在民族群体中,抑制性2DL1基因的存在与其对应的HLA配体HLA-C2频率之间存在很强的负相关,表明两者之间存在共进化,显示KIR和HLA两种复杂的遗传免疫系统在进化中的密切关联性。

裴永峰,余梅,黄惠妮,陈洁润,李恒聪[3](2020)在《广西壮族人群HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨等位基因多态性和单倍型的研究》文中指出目的:分析广西壮族人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1等位基因和单倍型的特点。方法:采用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT),对广西地区350名壮族非亲缘个体进行HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1测序分析,使用Arlequin软件(3.5.2.2)计算HLA等位基因频率、单倍型频率,使用MEGA v6.0软件构建系统发生树和用SPSS软件做主成分分析。结果:该人群5个位点,只有HLA-A和DRB1位点的等位基因分布偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。总共检出19种HLA-A等位基因,42种HLA-B等位基因,22种HLA-C等位基因,25种HLA-DRB1等位基因和15种HLA-DQB1等位基因。等位基因频率最高的分别是A*11:01(28.57%)、B*46:01(14.00%)、C*01:02(18.43%)、DRB1*16:02 (15.71%)和DQB1*05:02 (35.00%),最常见的5位点单倍型是A*33:03-C*03:02-B*58:01-DRB1*03:01-DQB1*02:01(6.86%),系统发生树结果表明该人群与南方汉族人群亲缘关系较近。结论:广西壮族人群HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1等位基因和单倍型有较高的遗传多态性。

张祥[4](2019)在《MHC区域HLA-B类基因与安徽汉族人群抗癫痫药诱发重症药疹的相关性研究》文中研究表明目的:近年来在国内外人群中的研究表明,HLA-B等位基因可能与不同的抗癫痫药物所致药疹存在相关性,而在安徽汉族人群中尚没有该类研究的报道。该研究旨在探讨HLA-B类基因与安徽汉族人群抗癫痫药物诱发重症药疹的相关性,了解重症药疹的免疫学发病机制。方法:采用病例对照的研究方法分别在安徽地区收集25例抗癫痫药物诱发重症药疹患者和50耐受对照血样,入组人群均为汉族人群。应用序列特异性引物-多聚酶链反应法(PCR-SSP)检测HLA-B基因型,PLINK1.07软件分析HLA-B等位基因频率在患者组和耐受对照组之间差异。结果:1)病例组携带HLA-B*1502等位基因显着高于耐受对照组(P=9.6×10-6;OR=10.92;95%CI=3.07-41.00)。HLA-B*1502携带率,很大程度是由卡马西平引起(P=7.0×10-6;OR=36;95%CI=4.65-375.97),这种增高趋势也存在苯巴比妥诱发重症药疹组(P=0.013;OR=45;95%CI=1.47-7827.55),但拉莫三嗪组未见相关性(P=0.879;OR=0.33;95%CI=0.01-8.01)。2)病例组携带HLA-B*40:01等位基因低于耐受对照组(P=0.045;OR=0.18;95%CI=0.03-0.97)。结论:证实了安徽汉族人群HLA-B*1502与卡马西平诱发的重症药疹有紧密的联系。HLA-B*40:01可能在抗癫痫药物诱发重症药疹中扮演一种保护因素。

周霞[5](2018)在《HLA遗传多态性与MDR/RR-TB和HIV易感性的关联研究及其在新型结核诊断肽筛选中的应用》文中提出研究背景:人免疫缺陷病毒感染(HIV)及其引起的获得性免疫缺陷综合征(AIDS)的流行、耐多药/利福平耐药结核(MDR/RR-TB)的传播已成为导致世界范围内结核疫情复燃及蔓延的重要原因。而个体是否容易罹患AIDS或MDR/RR-TB,除与病原体传播有关,还与宿主是否携带易感基因有关。来自世界各地的研究表明,HIV或TB感染及其疾病进展的宿主遗传易感性部分取决于人类白细胞抗原(HLA)系统。TB/HIV双重感染对结核诊断构成了巨大的挑战,由于艾滋病继发的严重免疫缺陷,易使现有结核诊断方法,甚至以ESAT-6和CFP-10作为反应刺激物的结核感染IFN-γ释放实验呈假阴性。研究目的:研究一调查湖北汉族人群中耐多药/利福平耐药结核病(MDR/RR-TB)患者的人类白细胞抗原(HLA)A、B、DRB1位点的高分辨率等位基因和单体型频率的分布特征,并与同一地区药物敏感结核病(DS-TB)患者相比较,拟发现HLA-A、B、DRB1等位基因及其单体型与耐多药/利福平耐药结核(MDR/RR-TB)易感性的关系。研究二调查华中地区HIV/AIDS人群HLA-A、B、C位点的高分辨率等位基因的分布特征,以筛选HIV/AIDS人群经典MHC-Ⅰ高频分子(MHC-Ⅰa),利用高频率MHC-Ⅰa限制性表位筛选针对该群体的结核分枝杆菌特异性刺激抗原肽,刺激结核特异性CD8+细胞分泌IFN-γ,以提高HIV/AIDS人群结核感染的早期诊断率。研究方法:在第一项研究中,我们抽取来自湖北汉族人群的174例耐多药/利福平耐药结核病患者(观察组)和838例药物敏感结核病患者(对照组)的血样,使用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)技术进行4位数HLA-A、B、DRB1等位基因分型,比较两组间HLA-A、B、DRB1等位基因和单体型频率。使用Arlequin ver 3.5软件分析两组HLA-A、B、DRB 1等位基因和单体型的频率,使用Epi Info 7软件和SPSS22.0软件分析两组间HLA等位基因的差异。第二项研究分以下2步进行:1.HIV/AIDS人群MHC-Ⅰa高频分子的筛选:将424名HIV-1感染者作为研究对象,以836名同一地区HIV阴性健康人群为对照,采用PCR-SSOP及PCR-SBT技术进行HLA-A、B、C等位基因的基因分型。使用Arlequin ver3.0软件分析两组HLA-A、B、C等位基因和单体型的频率,使用Epi Info 7软件和SPSS18.0软件分析华中地区HIV/AIDS人群的经典Ⅰ类人类白细胞抗原(HLA-A、B、C)等位基因分布特点,确定该人群经典MHC-Ⅰ高频分子。2.以结核分枝杆菌差异区(region of differences,RD)编码蛋白为候选抗原,通过计算机软件预测候选抗原上与HIV/AIDS人群MHC-Ⅰa高频分子高度亲和的表位。人工合成含HIV/AIDS人群经典MHC-Ⅰ高频分子高亲和力表位的多肽作为刺激原,以培养证实的结核病患者去除CD4+、CD56+细胞的外周血单个核细胞(PBMC)为阳性样本,以有BCG接种史的健康对照的外周血单个核细胞(PBMC)为阴性样本,进行IFN-γELISpot,选择对TB样本有刺激效应且对健康对照无刺激效应的多肽。用筛选所得混合多肽池为IGRA试剂,与重组结核分枝杆菌早期分泌抗原靶6-培养滤液蛋白10融合抗原(recombinant fusion protein of early secretory antigenic target 6 k Da and culture filtrate protein10 k Da,r ESAT6/CFP10)比较在HIV感染人群中的灵敏度和特异度,以验证CD8抗原肽是否能提高r EAST6/CFP10刺激TB/HIV患者外周血IFN-γ释放反应率及强度。研究结果:研究一,对所测数据进行统计分析显示,对照组的所有位点均不偏离哈迪-温伯格平衡(HWE)。多因素Logistic回归分析显示,除年龄较大(p<0.0001;OR=10.9,95%CI 7.6–15.8)、既往治疗史(p<0.0001;OR=11.0,95%CI 7.2–16.7)和治疗依从性差(p<0.0001;OR=12.9,95%CI 8.4-20.0)外,等位基因DRB1*08:01(p<0.0001;OR=174.5,95%CI 15.3–1987.2)是MDR/RR-TB的独立预测因子。而在初治结核病例亚组中,DRB1*08:01(p<0.0001;OR=80.3,95%CI 7.0-917.1)和年龄较大(p<0.0001;OR=3.9,95%CI 2.4-6.4)是原发MDR/RR-TB的独立易感因素。研究二,首先测得华中地区HIV/AIDS人群MHC-Ⅰa高频分子为HLA-A*11:01(27.7%)、HLA-B*46:01(16.7%)、HLA-A*24:02(15.6%)、HLA-A*02:07(14.2%)、HLA-B*40:01(12.7%)、HLA-C*12:02(10.7%)、HLA-C*03:04(9.4%)、HLA-A*02:01(9.0%)、HLA-C*07:02(8.0%)、HLA-B*13:01(7.5%)、HLA-A*33:03(6.6%)、HLA-C*07:01(5.8%)、HLA-C*03:01(5.5%)、HLA-C*04:05(5.3%)、HLA-B*58:01(5.3%),通过调整年龄和性别混杂因素后的多因素Logistic回归分析显示,HIV-1阳性组的HLA-A*02:06、HLA-B*15:01等位基因亚型频率高于HIV-1阴性组。然后,利用网络表位预测工具Net MHCpan3.0服务器预测并筛选与HIV感染人群MHC-Ⅰa高频分子高度亲和的免疫优势表位,并通过体外筛选试验,最终获得8个重叠多肽池,Rv0222176-191、Rv1980c122-138、Rv1985c105-120、Rv3425141-165、Rv3873133-151、Rv3873158-166、Rv387878-86、Rv3879c673-690,可刺激结核患者外周血CD8+T淋巴细胞产生γ干扰素,但对健康对照外周血单个核细胞无刺激效应。在检测25例TB/HIV双重感染血样时,由这8个重叠多肽池混合而成的IGRA刺激剂(CP)的灵敏度与r ESAT6/CFP10(EC)的灵敏度均较低(68%vs 48%,p>0.05),但二者共同作为IGRA刺激剂(CP+EC)时灵敏度达92%,显着高于r ESAT6/CFP10(χ2=11.5238,p=0.00068),且不影响特异性。结论:研究一,推证了人类自身遗传因素中HLA基因多态性影响个体对MDR/RR-TB的易感性。我们的研究结果表明,综合结核病患者的临床和宿主遗传信息可能有助于MDR/RR-TB的预测和早期发现。研究二,根据HIV/AIDS人群HLA-A、B、C等位基因分布特点筛选出来的经典MHC-Ⅰ限制性结核抗原肽,有提高IGRAs在HIV/AIDS人群中的结核感染检测灵敏度的潜力。

裴永峰,黄惠妮,李恒聪,陈洁润,吴国光[6](2017)在《广西汉族人群HLA-A、-B、-DRB1高分辨等位基因和单倍型多态性的初步分析》文中研究指明目的分析广西汉族人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)-A、-B、-DRB1等位基因和单倍型的分布特征。方法采用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)对广西地区1 644名汉族无关个体进行HLA-A、-B、-DRB1等位基因和单倍型多态性的分型,使用Arlequin软件(3.5.2.2)计算HLA等位基因频率、单倍型频率和连锁不平衡参数。使用MEGA v6.0软件构建系统发生树,并与其他部分中国汉族人群的基因频率进行比较。结果该人群HLA-A、-B、-DRB1等位基因分布均偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),3个位点分别检出37种HLA-A,70种HLA-B和37种HLA-DRB1等位基因。其中,等位基因频率分布最高的分别是A*11∶01(28.86%)、B*46∶01(14.26%)和DRB1*15∶01(13.32%),最常见的单倍型是A*33:03-B*58∶01-DRB1*03∶01(6.12%),A*02∶07-B*46∶01、A*11∶01-DRB1*15∶01和B*58∶01-DRB1*03∶01呈现最强的连锁不平衡。该人群与广西壮族人群亲缘关系最近,其多态性最接近的汉族是中国南方汉族。结论广西汉族人群HLA-A、-B、-DRB1等位基因和单倍型有较高的遗传多态性,将为中国人群在临床寻找HLA匹配的无关亲缘供者、法医学研究以及人类学研究等提供有价值的遗传学依据。

邹洁,沈钢,朱远雁,强文,李王霞[7](2014)在《湖北骨髓库汉族人群HLA-B* 15多态性分析》文中认为目的检测湖北骨髓库汉族捐献者HLA-B*15高分辨基因型,了解其基因频率和基因多态性分布特点。方法采用PCR-SBT的分型技术,对3 325名汉族捐献者进行HLA-B高分辨基因分型;基于等位基因频率,采用Hierarchical Clustering算法对各人群进行聚类分析。结果 3 325例分型结果中,HLA-B分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。共检出16种HLA-B*15等位基因和8种血清学特异性,基因频率排在前5位的是:B*15∶01(0.047 67),B*15∶02(0.045 56),B*15∶11(0.016 09),B*15∶18(0.009 92),B*15∶27(0.009 32)。在B*15等位基因家族中,表达B62抗原的B*15等位基因多态性最强,共检出7种等位基因,共占47.15%;表达B75抗原的等位基因B*1502、B*1511和B*1521共占41.85%。我国南方和北方汉族人群在基因频率上存在显着的差异。如等位基因B*15∶02的频率在北方和南方人群中分别为0.017 8和0.096 69。尽管湖北汉族与我国南方汉族聚为一族,但在基因频率上表现出从北到南的过渡形态。结论在湖北骨髓库汉族捐献者中HLA-B*15等位基因水平表现出丰富的多态性和特有的分布特征;湖北汉族具有典型的我国南北人群交流的特征。

熊艳[8](2014)在《中国人群别嘌呤醇致严重皮肤不良反应的遗传标志物研究》文中研究指明背景:别嘌呤醇在临床上广泛用于痛风、高尿酸血症及其并发症等的治疗。2004年首次有文献报道HLA-B*5801等位基因携带与中国台湾人群别嘌呤醇所致致死性严重皮肤不良反应(severe cutaneous adverse reaction,SCAR)强烈相关,该发现先后在欧洲、泰国、韩国、日本、葡萄牙、中国香港以及大陆人群中均得到验证。荟萃分析结果表明,中国人群中HLA-B*5801等位基因携带率尤其高,携带率约为8.9%。HLA分型由于技术、成本及基因本身的复杂性等原因而无法在实验室普及。近年来基于日本人群的GWAS研究发现与HLA-B相邻的PSORS1C1基因内的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP) rs9263726位点A等位基因与HLA-B*5801呈完全连锁不平衡,并在小样本人群建立了对该SNP位点进行分型的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法,提示rs9263726在日本人群可能作为别嘌呤醇导致SJS/TEN的替代分子标志物。中国人群中rs9263726是否可替代HLA-B*5801作为预测别嘌呤醇致严重过敏反应的预测因子目前没有相关的研究报道。焦磷酸测序(Pyrosequencing)是一种基于聚合原理的DNA测序方法,是新一代DNA序列分析技术,且分型方法准确、快速、简便、经济,易于在实验室普及用作SNP分型。目的:在中国大陆人群中验证HLA-B*5801等位携带与别嘌呤醇致严重皮肤不良不良反应发生间的相关性;探索在中国人群中PSORS1C1rs9263726(G>A) A等位基因替代HLA-B*5801作为预测别嘌呤醇致严重皮肤过敏反应发生的分子标记物的可行性;建立可用于对rs9263726位点进行分型的焦磷酸测序法。方法:通过多中心回顾性病例-对照研究,收集了来自全国各地17家医院别嘌呤醇致严重皮肤不良反应患者血液标本92例,同时在广州、广西、四川、湖南和山西等地收集连续或累计服用别嘌呤醇3个月以上未出现皮肤不良反应(别嘌呤醇耐受组病例)的患者血液标本81例,收集长沙地区健康志愿者外周血标本99例。提取DNA后通过直接测序分型法(sequencing based typing, SBT)对所有标本进行进行HLA-B基因分型。Sanger测序法分型对三组人群的PSORS1C1rs9263726(G>A)位点进行分型,计算HLA-B*5801和rs9263726(G>A)位点间的连锁不平衡强度参数D,和r2;通过设计PCR扩增引物和生物素标记的测序引物,建立可用于对rs9263726位点进行分型的焦磷酸测序分型方法。结果:本研究收集到92例出现别嘌呤醇所致SCAR的患者,SCAR的具体类型包括伴嗜酸性粒细胞增多性全身症状的药物反应(Drug reaction with eosinophilia and systemic symptoms, DRESS)、史蒂文斯-约翰逊综合征(Stevens-Johnson syndrome, SJS)和中毒性表皮坏死松解症(Toxic epidermal necrolysis, TEN)。在92例DRESS/SJS/TEN患者中,有87例患者(87/92,94.57%)携带HLA-B*5801等位基因,别嘌呤醇耐受组患者中该等位基因的携带率为11.11%(9/81),HLA-B*5801携带增加别嘌呤醇至严重皮肤不良反应发生风险的比值比(odds ratio,OR=139.2,95%CI:44.7-433.9,p=3.02×10-28)。84例(91.30%)出现别嘌呤醇所致DRESS/SJS/TEN的患者携带rs9263726A等位基因,而别嘌呤醇耐受组人群中rs9263726A等位基因的携带率为11.11%,以rs9263726多态性位点预测别嘌呤醇致严重皮肤不良反应的比值比(OR)为84.0(95%CI:30.8-229.0,p=4.75×10-26)。99名健康志愿者中rs9263726A等位基因携带者的频率为14.14%。HLA-B*5801和PSORS1C1rs9263726(G>A)多态位点间呈强连锁不平衡(D’=0.966,r2=0.902)。HLA-B*5801用于预测该人群别嘌呤醇SCAR发生的灵敏度和特异度分别为94.57%和88.89%;阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)分别为90.61%和93.51%;rs9263726(G>A)多态位点A等位基因用于预测该人群别嘌呤醇致SCAR发生的灵敏度和特异度分别为91.30%和88.89%;PPV和NPV分别为90.32%和90.00%。将携带HLA-B*5801和rs9263726A等位基因作为诊断指标分析ROC曲线下面积AUC分别为0.911和0.895。本研究所建立的rs9263726(G>A)位点焦磷酸测序分型方法与Sanger测序法所得基因型的一致率达100%。结论:1)证实在中国大陆人群中HLA-B*5801等位基因携带与别嘌呤醇所致严重不良反应(SJS/TEN/DRESS)的发生风险强相关;2)中国人群中HLA-B*5801与PSORS1C1rs9263726A等位基因呈高度连锁不平衡,rs9263726A等位基因可作为在中国人群中预测别嘌呤醇所致SCAR风险的替代分子遗传标志物;3)建立了可用于对rs9263726多态性位点用于分型的焦磷酸测序方法,可用于在应用别嘌呤醇前对严重皮肤过敏反应的发生进行预测,指导个体化用药。图4幅,表9个,参考文献72篇。

刘岩厚[9](2013)在《中国汉族人群及维吾尔族人群HIV-1感染与高分辨率HLA class I基因频率关联研究》文中研究说明宿主的免疫遗传学背景,如HLA class I基因多态性,是影响HIV-1感染风险及艾滋病病程进展的重要因素。此前有关中国人群HLA的分型研究,未能提供HLA class I高分辨率基因频率与HIV-I感染风险的关联分析,难以满足疫苗设计和临床试验的要求。本文报道了中国汉族人群及维吾尔族人群HLA class I高分辨率基因频率与HIV-I感染风险的关联研究。本文样本为327名中国汉族人样本及161名中国维吾尔族样本。汉族人群及维吾尔族人群均包括HIV-1血清阳性及血清阴性个体。高分辨率HLA class I分型由PCR-SBT法(测序分型)辅以高分辨率PCR-SSP法(序列特异性引物)完成,两位点及三位点单倍型由最大期望值法估算。本文共鉴定了汉族人群中的HLA-A等位基因48个,HLA-B等位基因63个,HLA-Cw等位基因27个;鉴定了维吾尔族人群中HLA-A等位基因39个,HLA-B等位基因53个,HLA-Cw等位基因26个,未发现新等位基因。本文分析了中国汉族人群及维吾尔族人群的HLA class I等位基因和估算的单倍型分布,与其它地区和少数民族的中国人群进行了比较,并构建了HLA-A和HLA-B系统树。本文比较了中国汉族人群及维吾尔族人群中HIV-1阳性组和阴性组的高分辨率HLA class I等位基因频率和估算的单倍体型频率。本文发现中国汉族人群中HIV-1血清阴性组中HLA-B*5201(OR=0.24,95%CI:0.10-0.57;p:0.001, q=0.026)和HLA-A*0301(OR=0.25,95%CI:0.09-0.64:p=0.002,q=0.030)的等位基因频率显着高于HIV-1阳性组中的基因频率,该结果提示HLA-B*5201和HLA-A*0301在汉族人群HIV-1感染中可能具有保护作用。中国维吾尔族人群HIV-1阴性组中HLA-B*5101(OR=0.18,95%CI:0.06-0.49:p=0.002,q=0.056)的等位基因频率显着高于HIM-1阳性组的频率,该结果提示HLA-B*5101可能在维吾尔族HIV-1感染中具有保护性作用。估算的HLA class I单倍型中,汉族人群HIV-1阴性组中HLA-Cw*0304-B*4001(OR=0.21,95%CI:0.08-0.57;p=0.003,q=0.039)及维吾尔族人群中HIV-1阴性组中HLA-A*0201-B*5101(OR=0.02,95%CI:0.003-0.21;p<0.01,q<0.01)均高于阳性组。此外,汉族人群中HⅣ:1阴性组中HLA-B62s超型的频率也显着高于阳性组。本文在四位数字的高分辨率HLA class I分型结果中,观察到部分等位基因.频率和推算的单倍型频率在中国汉族人群和中国维吾尔族人群中分布有显着性差异。在本文采集的样本中,未观察到HLA class I等位基因纯合/杂合以及Bw4/Bw6纯合/杂合在HIV-1阳性组和阴性组间的显着差异。本文研究结果是中国高分辨率HLA class I分型数据库的补充,也对HIV-1疫苗研发及临床试验样本召集具有重要的作用。

龚拯[10](2012)在《MICA/B基因多态性与血吸虫病和白血病相关性研究》文中研究说明一研究目的1.研究MICA/B在湖南北部汉族人群中的分布特点。2.分析MICA/B等位基因的多态性与血吸虫病易感性和肝纤维化的相关性。3.分析MICA/B等位基因的多态性与白血病易感的相关性。二研究方法采用世界卫生组织(WHO)推荐的标准盐析法从样本新鲜血液中提取基因组DNA。采用PCR-SSP及PCR-SBT两种方法对所得DNA进行等位基因分型。分析MICA/B等位基因频率、单倍型频率以及MICA/B多态性与血吸虫病、白血病的相关性。三实验结果1.湖南北部汉族人群MICA/B基因多态性研究在湖南北部汉族人群中共检测到11个MICA等位基因,频率最高的依次为MICA*010(28.95%)、MICA*00801(20.53%)和MICA*002:01(15.79%);共检测到5种STR型别,其中MICA*A5(37.89%)和MICA*A5.1(21.05%)频率最高,MICA*A6(7.37%)频率最低。在湖南北部汉族人群中共检测到10个MICB等位基因,以MICB*005:02/010最常见(58.42%),其他较常见的等位基因有MICB*002:01(10.00%)、MICB*008(7.89%),最少见的是MICB*012(0.53%1和MICB*019(0.53%).将MICA/B基因在湖南北部汉族人群中的分布与该基因在其他人群(中国广东汉族人、中国北方汉族人、中国浙江汉族人、朝鲜人、日本人、泰国人以及西班牙人)中的分布进行比较,显示MICA/B基因的分布在不同人群之间存在差异。湖南北部汉族人群有自己独特的分布特征。在湖南北部汉族人群中,MICA*004-MICB*004:01与MICA*010-MICB*005:02/010具有显着的连锁不平衡。2.MICA/B等位基因多态性与血吸虫病相关性研究本研究比较了正常健康对照组与血吸虫病感染组、血吸虫病性重度肝纤维化病人组和轻度肝纤维化病人组中MICA/B基因的多态性。在血吸虫感染组与健康对照组中共发现13种MICA等位基因和5种MICA-STR基因型,MICA*012:01(11.58%vs5.83%). MICA*017(2.11%vs0.00%)及MICA*027(3.16%vs0.97%)在对照人群组较血吸虫病人组中分布频率较高,但Pc值显示没有统计学意义(Pc>0.05)。MICA-STR型别分析显示,MICA-STR与血吸虫病易感没有相关性,但MICA*A5基因型的分布频率在重度肝纤维化组显着高于轻度肝纤维化组(45.10%vs26.92%,Pc<0.05)。在血吸虫病人组中一共检出10种MICB等位基因。在本研究人群中未发现与日本血吸虫感染显着相关的MICB等位基因。同时MICB等位基因多态性在重度纤维化组、轻度纤维化组以及正常对照组相互之间均无显着的相关性。研究显示在血吸虫病人组中,MICA和MICB具有连锁不平衡,其中单倍型MICB*008-MICA*002:01和MICB*014-MICA*045显示具有显着的连锁不平衡。3.MICA/B等位基因多态性与白血病相关性研究在白血病人群中一共检出11种MICA等位基因和5种MICA-STR基因型,未发现与白血病发病及其不同临床类型显着相关的MICA等位基因。共检测出10种MICB等位基因,其中病人组中MICB*005:02/010等位基因频率显着低于对照组(OR=0.416,95%CI:0.270-0.640,Pc=0.0005),表明MICB*005:02/010等位基因与白血病的保护相关。未发现MICB等位基因多态性与白血病不同临床类型的相关性。白血病人组中,4种MICA-MICB单倍型具有显着的连锁不平衡,分别为:MICB*008-MICA*002:01、MICB*005:03-MICA*009:01.MICA*019-MICB*005:02/010.MICA*045-MICB*014。四结论1.湖南北部汉族人群MICA/B等位基因具有高度的多态性,具有自己独特的特征,与其他各人群均有显着差异,但中国人群总体亲缘关系相对较近,其中MICA*012:01在湖南北部汉族人群中分布频率显着高于其他中国人群。湖南北部汉族人群中,单倍型MICA*004-MICB*004:01与MICA*010-MICB*005:02/010具有显着的连锁不平衡。2.在湖南北部洞庭湖血吸虫病疫区的汉族人群中,MICA/B等位基因的多态性与血吸虫易感性无关。但MICA*A5型别与血吸虫病人高度肝纤维化的表型具有相关性,而MICB与血吸虫肝纤维化没有相关性。3.在湖南北部汉族人群中,MICA等位基因的多态性与白血病易感性没有相关性。但MICB*005:02/010等位基因与白血病的保护相关。

二、应用中高分辨率分型方法分析中国人群HLA-B15组的多态性(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、应用中高分辨率分型方法分析中国人群HLA-B15组的多态性(论文提纲范文)

(1)人类白细胞抗原分型检测与白血病相关性的研究进展(论文提纲范文)

1低分辨HLA分型与白血病的相关性
    1.1低分辨HLA等位基因与白血病的易感或保护作用的相关性
    1.2低分辨HLA抗原表达与白血病的相关性
    1.3低分辨HLA与白血病相关性的其他研究
2高分辨HLA分型与白血病的相关性
    2.1高分辨HLA等位基因与白血病的易感或保护作用的相关性
    2.2高分辨HLA抗原表达与白血病治疗等的相关性
    2.3高分辨HLA匹配与白血病的异体移植等的相关性
3 HLA基因突变与白血病的相关性
4 HLA与白血病相关性的其他研究
5总结与展望

(2)中国不同民族群体KIR基因及其HLA配体的多态性研究(论文提纲范文)

缩略词表
中文摘要
ABSTRACT
前言
材料与方法
结果
讨论
结论
参考文献
综述
    参考文献
攻读学位期间获得的学术成果
致谢

(3)广西壮族人群HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨等位基因多态性和单倍型的研究(论文提纲范文)

材料和方法
    入组人群
    试剂与仪器
    DNA提取
    HLA基因分型
    统计学分析
结果
    Ewens-Watterson中和性检验
    Hardy-Weinberg平衡检验
    HLA-A、-B、-C、-DRB1和-DQB1的等位基因频率
    广西壮族人群5位点单倍型频率分析
    广西壮族人群3位点单倍型频率分析
    系统发生树的分析
    元素主成分的分析
讨论

(4)MHC区域HLA-B类基因与安徽汉族人群抗癫痫药诱发重症药疹的相关性研究(论文提纲范文)

英文缩略词表
摘要
Abstract
前言
    1.1 药物不良反应的概述
    1.2 药物不良反应的发病机制
    1.3 药物不良反应与HLA等位基因的关联研究
研究资料与方法
    1 临床资料
        1.1 药物不良反应的分型标准
    2 实验材料
        2.1 主要实验试剂
        2.2 实验仪器
    3 实验步骤
        3.1 人外周血白细胞DNA的提取
        3.2 DNA浓度的测定
        3.3 引物设计
        3.4 HLA-B位点PCR反应总体系
        3.5 PCR-SSP扩增HLA-B基因5个位点
        3.6 琼脂糖凝胶电泳
        3.7 结果判断以及质控
    4 统计学分析
    5 技术路线图
结果
讨论
结论
参考文献
综述 药物不良反应的遗传免疫学研究
    参考文献
作者简介及读研期间科研成果
致谢

(5)HLA遗传多态性与MDR/RR-TB和HIV易感性的关联研究及其在新型结核诊断肽筛选中的应用(论文提纲范文)

中英文对照缩略语 中文摘要 Abstract 实验研究部分
研究一 湖北汉族群体HLA遗传多态性与MDR/RR-TB易感性的关联研究
    前言
    材料和方法
    结果
    讨论
研究二 新型结核抗原肽的鉴定及在人免疫缺陷病毒感染人群结核诊断中的应用价值研究
    第一部分 华中地区HIV/AIDS群体经典MHC-Ⅰa类抗原基因型分布特点分析
    
前言
    
材料和方法
    
结果
    
讨论
    第二部分 针对HIV感染人群的结核感染γ干扰素释放测定试剂的筛选研究
    
前言
    
材料和方法
    
结果
    
讨论 全文结论 综述 参考文献 附录 攻读学位期间发表论文目录 致谢

(6)广西汉族人群HLA-A、-B、-DRB1高分辨等位基因和单倍型多态性的初步分析(论文提纲范文)

1 对象与方法
    1.1 研究对象
    1.2 DNA提取
    1.3 HLA基因分型
    1.4 统计学分析
2 结果
    2.1 Ewens-Watterson中和性检验
    2.2 Hardy-Weinberg平衡检验
    2.3 HLA-A, -B和-DRB1等位基因频率
    2.4 广西汉族3位点单倍型频率分析
    2.5 广西汉族2个位点连锁不平衡分析
    2.6 系统发生树分析
    2.7 广西汉族与中国部分汉族常见等位基因频率的比较
3 讨论

(7)湖北骨髓库汉族人群HLA-B* 15多态性分析(论文提纲范文)

1 材料与方法
    1.1 研究对象
    1.2 主要仪器与试剂
    1.3 基因组DNA制备
    1.4 HLA基因高分辨分型
    1.5 数据分析
2 结果
    2.1 湖北骨髓供者标本中HLA-B*15等位基因频率及分布
    2.2 湖北汉族人群与其它地域人群HLA-B*15等位基因频率的比较分析
    2.3 湖北汉族人群与其它地域人群的群体聚类分析
3 讨论

(8)中国人群别嘌呤醇致严重皮肤不良反应的遗传标志物研究(论文提纲范文)

摘要 Abstract 目录 缩略词 第一章
    研究背景 第二章
    方法与材料 2.1
    研究路线设计 2.2
    研究对象 2.3
    主要试剂与试剂盒 2.4
    实验方法及仪器 2.5
    数据分析与统计 第三章
    结果 3.1
    别嘌呤醇药疼组与别嘌呤醇耐受对照组人群的地理学分布 3.2
    三组人群人口学数据和用药情况总结 3.3
    别叹呤醇药疫组临床特征及HLA-B分型结果 3.4
    HLA-B~*5801与别嗓呤醇致SCAR的关联分析 3.5
    PS0RS1C1
    rs9263726
A)多态性与HLA-B~*5801等位基因间的连锁不平衡分析 3.6'>(G>A)多态性与HLA-B~*5801等位基因间的连锁不平衡分析 3.6
    HLA-B~*5801和rs9263726
    A等位基因预测别叹呤醇所致SCAR的诊断评价比较 3.7
    Rs9263726焦磷酸测序分型方法的建立 附图与表格 第四章
    讨论 第五章
    结论 参考文献 综述 参考文献 攻读学位期间主要的研究成果 致谢

(9)中国汉族人群及维吾尔族人群HIV-1感染与高分辨率HLA class I基因频率关联研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第一章 引言
    第一节 HIV病毒学
        1.1.1. HIV病毒学
        1.1.2. HIV免疫逃逸
    第二节 HIV疫情
        1.2.1 全球HIV疫情
        1.2.2. 中国HIV疫情
    第三节 HLA基因及其与HIV/AIDS的关联
        1.3.1. HLA基因与人类疾病
        1.3.2. HLA基因与HIV感染及艾滋病进程
        1.3.3. HLA基因与艾滋病防治
    第四节 HLA分型方法学
    第五节 本文研究目的和研究内容
第二章 材料与方法
    第一节 研究对象
    第二节 仪器试剂
    第三节 实验方法
    第四节 数据分析与统计处理
第三章 结果与分析
    第一节 Ambiguities及解决方案
    第二节 中国汉族人HLA class Ⅰ基因分布
        3.2.1. 中国汉族人HLA class Ⅰ等位基因分布
        3.2.2. 中国汉族人推算HLA class Ⅰ单倍型分布
    第三节 中国新疆地区维吾尔族人HLA class Ⅰ基因分布
        3.3.1. 新疆维吾尔族人群HLA class Ⅰ等位基因分布
        3.3.2. 新疆维吾尔族人群推算HLA class Ⅰ单倍型分布
    第四节 中国汉族人HIV-1血清阳性及阴性人群HLA class Ⅰ基因频率比较
        3.4.1. 中国汉族人群HIV-1阳性与阴性人群的HLA class Ⅰ等位基因比较
        3.4.2. 中国汉族人群HIV-1阳性与阴性人群的HLA class Ⅰ单倍型比较
    第五节 中国维吾尔族人HIV-1血清阳性及阴性人群HLA class Ⅰ基因频率比较
        3.5.1. 新疆维吾尔族人群HIV-1阳性与阴性人群的HLA class Ⅰ等位基因比较
        3.5.2. 新疆维吾尔族人群HIV-1阳性与阴性人群的推算HLA class Ⅰ单倍型比较
    第六节 中国汉族及维吾尔族人群与其它中国人群HLA class Ⅰ等位基因多态性比较
第四章 讨论
第五章 结论
参考文献
致谢
个人简历、在学期间发表的学术论文及研究成果

(10)MICA/B基因多态性与血吸虫病和白血病相关性研究(论文提纲范文)

摘要
ABSTRACT
目录
前言
第一章 湖南北部汉族人群MICA/B基因多态性研究
    1.1 材料和方法
        1.1.1 主要仪器
        1.1.2 研究对象
        1.1.3 外周血基因组DNA提取
        1.1.4 PCR-SSP方法对MICA基因分型
        1.1.5 PCR-SBT方法对MICA基因分型
        1.1.6 PCR-SSP方法对MICB基因分型
        1.1.7 PCR-SBT方法对MICB基因分型
        1.1.8 采用标准DNA验证分型方法
        1.1.9 统计学分析
    1.2 结果
        1.2.1 MICA基因PCR-SSP产物分析
        1.2.2 PCR-SBT方法扩增MICA基因及DNA测序
        1.2.3 MICA等位基因序列多态性位点及其信号的整合
        1.2.4 TM(GCT)n重复序列分型
        1.2.5 标准DNA采用本研究方法的检测结果
        1.2.6 MICB基因PCR-SSP产物分析
        1.2.7 MICB基因PCR-SBT产物分析
        1.2.8 MICB等位基因序列多态性位点及其信号的整合
        1.2.9 标准DNA采用本研究方法的检测结果
        1.2.10 Hardy-Weinberg平衡吻合度检验
        1.2.11 湖南北部汉族人群MICA等位基因频率分布
        1.2.12 湖南北部汉族人群MICA等位基因频率与其他人群比较
        1.2.13 湖南北部汉族人群MICB等位基因频率分布
        1.2.14 湖南北部汉族人群MICB等位基因频率与其他人群比较
        1.2.15 湖南北部汉族人群MICA与MICB连锁不平衡分析
    1.3 讨论
    1.4 结论
第二章 MICA/B基因多态性与血吸虫病相关性研究
    2.1 材料与方法
        2.1.1 主要仪器
        2.1.2 研究对象
        2.1.3 外周血基因组DNA的提取与MICA/B等位基因分型
        2.1.4 统计分析
    2.2 结果
        2.2.1 MICA/B位点的Hardy-Weinberg平衡吻合度检验
        2.2.2 MICA等位基因多态性与血吸虫感染相关性分析
        2.2.3 MICA等位基因多态性与血吸虫病肝纤维化相关性分析
        2.2.4 MICB等位基因多态性与血吸虫感染相关性分析
        2.2.5 MICB等位基因多态性与血吸虫病肝纤维化相关性分析
        2.2.6 血吸虫病人MICA与MICB连锁不平衡分析
    2.3 讨论
    2.4 结论
第三章 MICA/B基因多态性与白血病相关性研究
    3.1 材料与方法
        3.1.1 主要仪器
        3.1.2 研究对象
        3.1.3 外周血基因组DNA的提取与MICA/B等位基因分型
        3.1.4 统计分析
    3.2 结果
        3.2.1 MICA/B位点的HWE吻合度检验
        3.2.2 MICA等位基因频率与的白血病相关性分析
        3.2.3 MICA等位基因多态性与白血病不同类型的相关性分析
        3.2.4 白血病人MICB等位基因分布特点分析
        3.2.5 MICB等位基因多态性与白血病不同类型的相关性分析
        3.2.6 白血病人MICA与MICB连锁不平衡分析
    3.3 讨论
    3.4 结论
总结论
参考文献
综述
    参考文献
致谢
攻读学位期间主要的研究成果目录

四、应用中高分辨率分型方法分析中国人群HLA-B15组的多态性(论文参考文献)

  • [1]人类白细胞抗原分型检测与白血病相关性的研究进展[J]. 裴永峰,余梅. 中国生物制品学杂志, 2021(11)
  • [2]中国不同民族群体KIR基因及其HLA配体的多态性研究[D]. 桑国鑫. 昆明医科大学, 2021(01)
  • [3]广西壮族人群HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨等位基因多态性和单倍型的研究[J]. 裴永峰,余梅,黄惠妮,陈洁润,李恒聪. 中国实验血液学杂志, 2020(04)
  • [4]MHC区域HLA-B类基因与安徽汉族人群抗癫痫药诱发重症药疹的相关性研究[D]. 张祥. 皖南医学院, 2019(10)
  • [5]HLA遗传多态性与MDR/RR-TB和HIV易感性的关联研究及其在新型结核诊断肽筛选中的应用[D]. 周霞. 华中科技大学, 2018(05)
  • [6]广西汉族人群HLA-A、-B、-DRB1高分辨等位基因和单倍型多态性的初步分析[J]. 裴永峰,黄惠妮,李恒聪,陈洁润,吴国光. 免疫学杂志, 2017(08)
  • [7]湖北骨髓库汉族人群HLA-B* 15多态性分析[J]. 邹洁,沈钢,朱远雁,强文,李王霞. 中国输血杂志, 2014(10)
  • [8]中国人群别嘌呤醇致严重皮肤不良反应的遗传标志物研究[D]. 熊艳. 中南大学, 2014(03)
  • [9]中国汉族人群及维吾尔族人群HIV-1感染与高分辨率HLA class I基因频率关联研究[D]. 刘岩厚. 南开大学, 2013(06)
  • [10]MICA/B基因多态性与血吸虫病和白血病相关性研究[D]. 龚拯. 中南大学, 2012(03)

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中高分辨率分型法分析中国人群HLA-B15群多态性
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