一、生物信息学及其在肿瘤研究中的应用（论文文献综述）
周唯[1]（2021）在《基于整合大数据的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌上市后评价研究》文中指出研究目的胃癌和食管癌是我国发病率较高的消化系统肿瘤。目前其治疗方法以放化疗为主。复方苦参注射液是常用的抗肿瘤类中药注射液,具有清热利湿、凉血解毒、散结止痛之功效,临床上多用于胃癌和食管癌等消化道肿瘤的治疗。本研究在整合大数据理念指导下,综合运用网状Meta分析、网络药理学、生物信息学、分子生物学等研究方法开展复方苦参注射液治疗胃癌和食管癌的临床评价与机制研究,希冀为科学评价其临床疗效和揭示其分子机制提供高质量证据。研究方法1网状Meta分析首先全面检索国内外数据库中复方苦参注射液等抗肿瘤类中药注射剂治疗胃癌、食管癌的随机对照实验文献并依据纳入排除标准遴选文献,进而应用WinBugs1.4和Stata13.0软件对临床总有效率、生活质量改善和不良反应改善等结局指标进行分析,并生成网状关系图、曲线下面积图和三维数据立方体图,从而解析复方苦参注射液与其他同类注射剂相比的治疗优势与特点。2整合生物信息学分析本论文综合运用了网络药理学、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、芯片Meta分析、分子对接、经典生物信息学的方法整合分析了复方苦参注射液治疗胃癌、食管癌的作用机制。在复方苦参注射液治疗胃癌的作用机制研究中,首先对GEO和TCGA数据库中的miRNA表达数据进行差异分析并且对其进行靶基因预测,之后应用WGCNA对TCGA中的RNA测序数据和临床信息进行关键模块筛选,根据复方苦参注射液成分靶点和以上胃癌关键信息进行复方苦参注射液干预胃癌的ceRNA网络构建。同时,本研究运用芯片Meta分析对比了关键基因在胃癌组织和正常组织之间的表达差异。利用GO和KEGG富集分析以明确关键基因所涉及的生物调控途径;通过生存分析和免疫浸润分析进一步检测了关键基因对胃癌预后的意义。最后,采用分子对接验证关键基因和复方苦参注射液中相关成分的结合能力。在复方苦参注射液治疗食管癌的机制研究中,首先从GEO数据库中下载食管癌高通量测序芯片数据并进行整合差异分析;其次根据TCGA中的食管癌RNA测序数据进行关键模块构建筛选;最后根据DisgeNET数据进行食管癌疾病靶点的数据搜集。根据以上信息进行网络药理学分析,从而分析复方苦参注射液治疗食管癌的作用机制。3分子生物学实验本研究首先采用MTT和CCK-8方法观察复方苦参注射液对胃癌细胞和食管癌细胞的增殖影响。之后分别应用RT-qPCR和Western blot法检测复方苦参注射液对胃癌细胞及食管癌细胞中mRNA和蛋白表达的影响。同时,本研究采用TMT方法系统研究了复方苦参注射液给药后胃癌细胞蛋白变化情况。研究结果1 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗胃癌临床评价研究本部分研究共纳入随机对照试验文献68篇,涉及8种抗肿瘤类中药注射剂,相关胃癌患者5525名。网状Meta分析结果显示,与对照组仅用FOLFOX相比,联合使用复方苦参注射液在提高临床总有效率、改善免疫功能指标和生活质量以及减缓不良反应中均具有统计学意义。此外,多指标三维聚类分析结果显示,复方苦参注射液与同类注射液相比在临床疗效和缓解不良反应综合评价中亦有较好排序。2 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗食管癌临床评价研究此部分研究共纳入随机对照试验文献52篇,涉及7种抗肿瘤类中药注射剂,相关食管癌患者3876名。网状Meta分析结果显示,与对照组仅用化疗相比,在提高临床总有效率、改善生活质量、减少恶心呕吐方面复方苦参注射液联合化疗使用成为最优干预措施的概率最大。相关结局指标聚类分析显示,复方苦参注射液在多结局指标评价中亦有明显优势。3 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗胃癌作用机制研究采用网络药理学与生物信息学相结合的方法,预测得到复方苦参注射液可能参与调控的ceRNA网络以及复方苦参注射液直接干预胃癌的基因靶点。对胃癌基因表达谱芯片进行 Meta 分析后发现关键基因 AKR1B1,CTSK,MMP2,TLR4,ADRB2,PDE1C和PTGER3在胃癌组织中具有显着差异。生存分析亦显示AKR1B1,MMP2和PTGER3在影响胃癌患者生存率方面具有重要意义。功能富集分析表明复方苦参注射液可以通过激活诸如PI3K-Akt和Toll样受体信号通路等信号通路来抑制癌细胞增殖并调节免疫力,从而治疗胃癌。4 基于整合高通量数据分析的食管癌关键基因研究此部分旨在确定与食管癌的发病机制和预后相关的潜在关键基因。差异分析结果表明,与正常组织相比,癌症组织中共有134个上调和183个下调的差异表达基因并且据此构建蛋白互作网络。根据度值筛选出十个关键基因（AURKA,CDC20,BUB1,TOP2A,ASPM,DLGAP5,TPX2,CENPF,UBE2C和NEK2）。功能富集分析表明,多种细胞外相关条目和ECM-受体相互作用途径均与食管癌密切相关。5 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗食管癌作用机制研究首先应用WGCNA方法研究基因表达数据与食管癌患者临床特征之间的联系,进而结合芯片分析的差异基因、疾病数据库基因和复方苦参注射液成分对应的预测靶标进行网络药理分析。结果显示EGFR、ERBB2、CCND1和AURKA是与复方苦参注射液治疗食管癌相关的核心基因。此外,通过富集分析预测发现,复方苦参注射液还可以调控食管癌中的ERBB信号通路和PI3K-AKT信号通路等相关通路。6 基于蛋白组学分析复方苦参注射液治疗胃癌的分子作用机制本研究采取TMT定量蛋白质组学研究方法来进行复方苦参注射液干预胃癌细胞后的差异表达蛋白质分析。研究发现,共有差异蛋白794个,其中包括上调蛋白490个以及下调蛋白304个。此外,结果发现复方苦参注射液可以通过影响如PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路等遏制胃癌进展。7 复方苦参注射液对胃癌细胞和食管癌细胞的作用影响实验结果表明,复方苦参注射液可以抑制胃癌细胞和食管癌细胞的增殖。通过RT-qPCR和Western blot实验证实复方苦参注射液可以抑制胃癌细胞中AKR1B1和MMP2的过表达,还可以上调胃癌细胞中的PTGER3;此外,复方苦参注射液也可以下调食管癌细胞中的EGFR和AURKA的异常高表达。研究结论本论文在整合大数据理念指导下,综合运用临床大数据与生物信息大数据研究方法开展复方苦参注射液临床评价与机制研究。结果显示,复方苦参注射液治疗胃癌、食管癌疗效确切且与同类注射液对比有优势或特色,其核心机制与调控胃癌、食管癌关键基因密切相关。同时,本研究还探索实践了以网状Meta分析、网络药理学、生物信息学、分子生物学实验为主链的中医药整合大数据研究模式,为中药上市后再评价特别是疗效与机制评价的有效联通提供了示范与路径。
阮涌[2]（2021）在《BLM-EZH2相互作用影响前列腺癌细胞增殖的分子机制研究》文中研究表明Rec Q-BLM解旋酶在DNA的修复、复制、重组和转录等细胞代谢过程和维持基因组的稳定性中具有非常重要的作用。BLM基因的缺陷将引起人类Bloom综合症（Bloom syndrome,BS）,且易患前列腺癌、乳腺癌、肺癌等癌症。其中,2020年前列腺癌（Prostate cancer,PCa）在我国男性恶性肿瘤中发病率居第七位,死亡率居第十位,PCa已逐渐成为影响我国男性生命健康的常见肿瘤之一。有研究表明BLM在PCa细胞系中高表达,在干扰或过表达BLM后,PC3细胞恶性程度相应的降低或增强;EZH2蛋白是多梳抑制复合物2（Polycomb Repressive Complex 2,PRC2）的成员之一,也有研究表明EZH2蛋白与PCa的发生存在密切关系。本论文深入研究了BLM、EZH2与PCa相互关联性,阐明了BLM/EZH2/MDM2/P53的信号调控轴途径,从分子、细胞、组织和动物水平探索了BLM与EZH2蛋白相互作用对PCa的影响及其机制。其主要研究结果如下:1.BLM与EZH2蛋白主要定位于细胞核内,实验发现这两个蛋白其存在相互作用,预测它们在PCa组织的m RNA中表达水平呈极显着正相关应用Western Bloting实验检测发现BLM在PCa细胞系中高表达,以BLM为诱饵蛋白,通过免疫共沉淀实验联合质谱分析发现与BLM存在相互作用的蛋白有541个,利用TCGA和STRING数据库分析可视化了BLM的相互作用蛋白网络及它们在细胞内的调控关系,其中EZH2蛋白是其相互作用的蛋白之一,且BLM与EZH2在PCa中的表达呈极显着正相关(P-Value=7.9e-74)。在此基础上,我们应用GST Pull down发现BLM与EZH2存在直接相互作用,进一步通过间接免疫荧光实验发现BLM与EZH2主要定位于细胞核。2.BLM与EZH2蛋白在PCa组织中高表达,BLM与EZH2在PCa临床样本中的免疫组化得分呈极显着正相关分别应用BLM和EZH2抗体对50例PCa组织、20例增生组织和9例前列腺组织进行免疫组化研究。发现BLM和EZH2蛋白在PCa组织中相比于正常前列腺高表达,且分别呈显着（P<0.05）和极显着（P<0.01）差异,BLM和EZH2的高表达均与患者的T分期（P=0.030,P=0.012）、临床分期（P=0.030,P=0.012）和Gleason分数（P=0.006,P=0.029）存在显着或极显着相关性,但是与年龄、Gleason分级、淋巴结转移和远处转移没有显着相关性,BLM与EZH2在PCa临床样本中的免疫组化得分呈极显着正相关（P<0.001）。3.干扰BLM和EZH2蛋白能够显着抑制PC3细胞的增殖、迁移和侵袭,并可能存在BLM/EZH2/P53的信号调控轴利用BLM特异性抑制剂处理PC3细胞5天后,进行活细胞计数检测,发现ML216的药物浓度与细胞活性呈负相关,且药物处理组与阴性对照组相比差异极显着（P<0.001）,检测细胞周期发现其能够引起PC3细胞在G0/G1期细胞数量的增加。应用si RNA分别单独或同时干扰BLM和EZH2时,发现si BLM和si EZH2的联合干扰能够更加显着抑制PC3细胞的增殖、迁移和侵袭能力,且能够上调PC3细胞中P53蛋白的表达水平,结合生物信息学分析发现在PC3细胞中可能存在BLM/EZH2/P53的信号调控轴。4.体内外实验进一步阐明了在PC3细胞中存在BLM/EZH2/MDM2/P53的信号调控轴以EZH2为诱饵蛋白进行了ChIP-seq试验,发现EZH2蛋白并未能够直接结合P53启动子区,而是通过调控MDM2启动子区间接调控P53蛋白的表达。通过体外实验发现过表达EZH2,能促进PC3细胞的增殖、迁移和侵袭,但在同时干扰BLM时,能够部分削弱其增强效应,反之,在干扰EZH2时,则能减弱了PC3细胞的增殖、迁移和侵袭,而在同时过表达BLM时,能够部分抵消EZH2干扰时的减弱效应,体内裸鼠成瘤实验结果也与上述结果一致。表明在PC3细胞中存在BLM/EZH2/MDM2/P53的信号调控轴。综上,本研究发现BLM与EZH2蛋白主要定位于细胞核,通过免疫共沉淀联合质谱分析和Pull down实验发现BLM与EZH2蛋白存在直接相互作用,生物信息学分析显示BLM与EZH2在PCa的发生中均高表达且呈显着相关性,并在PCa组织中进一步印证了BLM与EZH2的相关性。通过干扰BLM和EZH2蛋白能够显着抑制PC3细胞增殖、迁移和侵袭,体内外实验揭示了在PC3细胞中存在BLM/EZH2/MDM2/P53的信号调控轴途径。弄清BLM-EZH2相互作用影响前列腺癌细胞增殖分子机制,以Rec Q-BLM解旋酶为小分子抗癌药物的靶标,另辟和建立治疗前列腺癌的新途径和新方法,具有重要的理论价值和应用前景。
陈泽希[3]（2021）在《舌鳞状细胞癌中环状RNA表达谱的鉴定及hsa＿circ＿0125480在舌鳞状细胞癌中功能和机制的初步研究》文中指出目的:舌鳞状细胞癌（Tongue squamous cell carcinoma,TSCC）是我国口腔颌面部中最常见的恶性肿瘤之一。TSCC具有治疗困难、容易转移、预后不佳等特点,目前关于TSCC发生发展的机制尚不明确。近年来的研究表明,环状RNA（circRNA）在许多肿瘤中起到重要作用,并且可能成为重要的临床诊断标志物和治疗靶点。但是,目前对circRNA在TSCC发生发展中的作用及其机制的研究十分匮乏。本课题旨在使用高通量测序和基因芯片的方法对TSCC中circRNA的表达谱进行分析和鉴定,利用多种生物信息学方法和多个数据库筛选TSCC中表达异常的关键circRNA分子,初步探究hsa＿circ＿0125480对TSCC生物学行为的影响及调控机制,为TSCC临床诊断和靶向治疗提供新的视角和理论依据。方法:（1）采用高通量测序和circRNA芯片探索TSCC组织及其对应癌旁组织中的circRNAs。利用热图、火山图、散点图分析TSCC中circRNAs的表达情况,并通过qRT-PCR在TSCC临床样本中对分析结果进行验证。（2）通过GO功能富集、KEGG通路分析和韦恩图等多种生物信息学方法并结合GEPIA2、UALCAN和Targetscan等多个数据库对差异circRNAs进行分析和筛选,确定本课题的目标circRNA。（3）通过qRT-PCR在TSCC患者的癌组织和癌旁组织中鉴定hsa＿circ＿0125480的表达水平,分析hsa＿circ＿0125480作为TSCC生物学标志物的可行性。（4）构建过表达hsa＿circ＿0125480的舌癌细胞,利用CCK-8、平板克隆形成、划痕实验和Transwell细胞侵袭实验观察过表达hsa＿circ＿0125480对舌癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。（5）建立circRNA/miRNA/mRNA网络图并通过蛋白质互作图、GO功能富集和KEGG通路分析,研究hsa＿circ＿0125480/miRNA/mRNA网络在TSCC中的生物学角色。（6）检测TSCC组织和舌癌细胞株中hsa＿circ＿0125480、mi R-766-3p和NR3C2的表达情况,初步探索hsa＿circ＿0125480/mi R-766-3p/NR3C2信号轴在TSCC中的作用。结果:（1）通过高通量测序检测发现,TSCC癌组织相比于癌旁组织表达差异超过2倍（P<0.05）的circRNAs有277个,其中在TSCC癌组织中表达显着上调的有69个,表达显着下调的有208个;通过circRNA芯片检测发现,TSCC癌组织相比于癌旁组织表达差异超过1.5倍（P<0.05）的circRNAs有124个,其中在TSCC癌组织中表达显着上调的有54个,表达显着下调的有70个。（2）TSCC中异常表达的多个circRNAs可参与到TSCC相关的肿瘤信号通路。（3）hsa＿circ＿0125480在TSCC患者癌组织和TSCC细胞株中显着低表达。（4）在舌癌细胞中过表达hsa＿circ＿0125480能显着抑制舌癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力。（5）hsa＿circ＿0125480能通过多个miRNA和mRNA相互作用,参与多个肿瘤相关通路。（6）hsa＿circ＿0125480、NR3C2和相关靶点mi R-766-3p在TSCC标本和细胞株中的表达存在相关性,hsa＿circ＿0125480/mi R-766-3p/NR3C2信号轴可能参与TSCC的发生发展过程。结论:本研究通过高通量测序和基因芯片的方法,分析了TSCC中circRNAs的表达谱,并在TSCC样本中验证了部分差异性表达的circRNAs的表达水平,其中hsa＿circ＿0125480在TSCC组织中显着低表达。通过多种生物信息学分析结果,我们选择了hsa＿circ＿0125480进行功能研究,发现过表达hsa＿circ＿0125480可以抑制TSCC细胞的恶性行为。结合竞争性内源性RNA理论、生物信息学分析及分子实验的结果,我们推测hsa＿circ＿0125480/mi R-766-3p/NR3C2信号轴可能参与调控TSCC的生物学行为。本研究的发现提示hsa＿circ＿0125480可能作为舌鳞状细胞癌预后判断的标志物和潜在的治疗靶点。
达子健[4]（2021）在《生物信息学结合定量蛋白组学筛选胆管癌预后标志物的研究》文中研究指明背景及目的:胆管癌是一种起源于胆道上皮细胞且侵袭性极强的常见胆道恶性肿瘤。由于早期临床症状不明显导致诊断困难,所以胆管癌病人预后并不理想。近几十年来,胆管癌的许多生物标志物被广泛应用,但由于均存在其自身限制,这些生物标志物仍不足以充分了解胆管癌的机制,优化治疗策略。我们需要更有效的方法筛选出更有临床价值的生物标志物。本研究的目的是通过生物信息学分析探寻与胆管癌患者预后相关的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,以及应用同位素标记相对和绝对定量技术（isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ）来探寻胆管癌组织与非癌组织之间的差异表达蛋白（differentially expressed proteins,DEPs）,并进一步整合多组学数据分析来筛选出胆管癌的潜在标志物。方法:通过在基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）进行检索,我们选取并获得了GSE32225数据集,通过使用R语言对该数据集进行差异分析,我们获得了在癌和正常组织之间存在差异表达的基因,通过进一步使用癌症基因组图谱数据库（The Cancer Genome Atlas,TCGA）对这些DEGs与胆管癌患者生存时间之间的联系进行了生存分析,并进一步使用该数据库验证了从GSE32225数据集中所得的与胆管癌患者预后相关的DEGs表达的准确性。通过使用iTRAQ技术鉴定并筛选胆管癌组织和非肿瘤组织之间的DEPs。通过将与预后相关的DEGs和DEPs数据进行整合分析,我们获得了候选蛋白载脂蛋白F（Apolipoprotein F,APOF）、整合素αV（Integrin subunit alpha V,ITGAV）和钙/钙调蛋白依赖性丝氨酸蛋白激酶（Calcium/calmodulin-dependent serine protein kinase,CASK）,使用免疫组化方法检测这些候选蛋白在胆管癌组织中的表达,进一步使用组织芯片分析了CASK表达与胆管癌患者临床病理特征及预后之间的联系。结果:通过R语言软件进行差异表达分析,我们一共鉴定出了875个DEGs,通过进行生存分析,其中10个DEGs与胆管癌患者预后显着相关。通过iTRAQ技术一共鉴定出了487个DEPs。综合多组学数据分析显示,与非肿瘤组织相比,胆管癌组织中CASK、ITGAV和APOF在m RNA和蛋白水平的表达均存在差异。CASK在84例胆管癌患者中有38例（45%）在细胞质和细胞核中均呈现阳性表达。生存分析显示与CASK阴性表达的患者相比,CASK阳性表达的患者较CASK阴性表达的患者拥有更长的总生存期和无复发生存期。单因素回归分析显示组织学分级（P=0.019）,临床分期（P=0.002）,血管侵犯（P=0.001）以及CASK阴性表达（P=0.012）是胆管癌患者总生存期差的独立危险因素;组织学分级（P=0.017）,临床分期（P=0.035）以及CASK阴性表达（P=0.006）是胆管癌患者无复发生存率的独立危险因素。多因素回归分析显示:CASK阴性表达（P=0.027）是胆管癌患者预后不良的独立危险因素;组织学分级（P=0.036）,临床分期（P=0.035）,CASK阴性表达（P=0.014）是胆管癌患者复发的独立危险因素。结论:总之,我们的研究揭示了CASK可能是一个肿瘤抑制因子,其阴性表达是胆管癌患者预后不良的独立危险因素,可以作为有临床价值的预后标志物,可能为胆管癌的治疗提供新的靶点。并且为高效准确的筛选胆管癌生物标志物找到了一种较为可靠的方法,可能为深入研究胆管癌的发病机制提供一个全面系统的视角。
胡博[5]（2021）在《长链非编码RNA CYTOR通过调节miR-125b-5p/KIAA1522轴影响肝细胞癌增殖、凋亡和细胞周期的机制研究》文中提出背景:肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是一种原发性肝脏恶性肿瘤,在世界范围内发病率高、治疗效果欠佳。随着靶向治疗药物如索拉非尼、伦伐替尼,以及免疫治疗药物如免疫检查点抑制剂的出现,其预后得到一定的改善,但5年生存率仍旧不高。竞争性内源性RNA（competing endogenous RNA,ceRNA）揭示了RNA间相互作用的新机制,即以长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）为主的非编码RNA通过竞争性共享微小RNA（microRNA,miRNA）来调节mRNA（messenger RNA,信使RNA）的表达,这种调节机制在癌症的发病机理中扮演了重要的角色。但是,ceRNA在HCC中的功能作用及调节机制仍未被完全解释,新的ceRNA调控轴亟待探究。lncRNA CYTOR是一种已被证实在多种肿瘤中发挥促进细胞增殖、迁移等作用的非编码基因,并可作为多种miRNA的内源性海绵。然而,lncRNACYTOR作为ceRNA在HCC发生、发展中的作用及调控网络目前仍不十分清楚。因此,本研究以lncRNACYTOR为起点,探索ceRNA调节机制在HCC中的应用。材料与方法:通过检索癌症基因组图谱数据库（The Cancer Genome Atlas,TCGA）,获得人类HCC的lncRNA、mRNA和miRNA数据集表达数据和相应临床信息。下载基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus database,GEO）数据库中GSE62232和GSE84402的HCC相关RNA数据用于后续验证。借助在线数据分析工具,分析lncRNA CYTOR在多种肿瘤类型及HCC相关数据集中的表达情况。借助R语言分析lncRNA CYTOR在TCGA数据库中HCC肿瘤组织及癌旁正常肝组织中的差异表达情况,以及其表达水平与TCGA数据库HCC患者总生存期（overall survival,OS）之间的关系。分析lncRNA CYTOR与常用临床病理参数,如性别、年龄、肿瘤分级、临床分期和T、N、M分期之间的关联性,并进一步整合这些参数,通过单因素及多因素Cox回归分析探究lncRNA CYTOR独立预测患者预后的能力。之后,识别TCGA数据库HCC样品中差异表达的miRNA,同时使用ENCORI软件（starbase3.0）预测目标lncRNA的靶向的miRNA,选择差异分析中表达下调的miRNA与预测的miRNA做交集后得出候选miRNA。同理,基于TCGA数据库分析HCC样品中差异表达的mRNA,并基于ENCORI软件使用6个数据库（PITA、miRNAmap、DIANA-microT、miRanda、PicTar 和 TargetScan）预测候选 miRNA 靶向的mRNA,选择差异分析中表达上调的mRNA与预测的mRNA做交集后得出候选的mRNA。使用基因集富分析（Gene Set Enrichment Analysis,GSEA）来识别与所筛选出的mRNA高表达相关的基因集和通路途径,探索其潜在的功能。结果:lncRNACYTOR在多种癌症的肿瘤组织（如结肠癌、肾透明细胞癌、膀胱尿路上皮癌等）及多个HCC相关数据集中（如GSE54236、GSE64041、GSE36376等）相较于癌旁组织表达上调。在TCGA数据库中,与癌旁正常组织相比,HCC组织中的lncRNACYTOR表达水平显着增高（P<0.001）;且高表达患者组的OS较低表达患者组显着缩短（P<0.001）。临床病理参数关联性分析显示,lncRNACYTOR的表达水平与病理分级（Grade）显着相关,且G2与G1（P<0.01）、G3与G2（P<0.05）、G3与G1（P<0.001）和G4与G1（P<0.05）之间存在显着性差异;该基因在临床Ⅱ期（StageⅡ）的表达水平较临床Ⅰ期（StageⅠ）显着上调（P<0.001）,在T2期及T4期的表达水平较T1期显着上调（P<0.001;P<0.05）。独立预后分析表明lncRNA可独立于上述临床参数来预测HCC患者的预后（P<0.05）。ENCORI软件分析得出miR-125b-5p可作为lncRNA CYTOR的靶向miRNA,后续6个数据库综合分析得出KIAA1522及PODXL可作为miR-125b-5p的候选靶向mRNA。对二者进行差异分析、生存分析及与miR-125b-5p的相关分析后,选择KIAA1522作为目标靶向mRNA。相较于癌旁组织,KIAA1522在GSE62232和GSE84402的HCC组织中表达显着上调（P<0.001）。GSEA富集分析结果表明,cell cycle信号通路、adherens junction信号通路、Notch信号通路、mTOR信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路、apoptosis信号通路和tight junction信号通路相关的基因集在高KIAA1522表达的表型中显着富集。结论:探究lncRNA的表达情况、生物学功能,构建新的lncRNA/miRNA/mRNA调控轴是研究HCC发病机制的有效手段。lncRNA在HCC组织中表达水平显着上调,与多种临床病理参数相关,且可作为HCC患者潜在的预后生物标志物。此外,lncRNA CYTOR可通过靶向miR-125b-5p进而调节KIAA1522的表达参与HCC的发生发展。背景:肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是一种由多种病因引起肿瘤,目前仍是人类最常见、最致命的恶性肿瘤之一。因此,寻找新的、临床上有效的HCC诊断及预后生物标志物至关重要。本实验的主要目的是基于第一部分生物信息学分析的结果,探索长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）CYTOR、微小RNA（microRNA,miRNA）miR-125b-5p 以及蛋白编码信使 RNA（messenger RNA,mRNA）KIAA1522的靶向调控作用及该调控轴在HCC发生、发展中的作用。材料与方法:通过脂质体将目的基因相关载体转染至正常肝细胞（HHL-5）及几种HCC细胞（SK-Hep-1、Hep3b和Huh-7）后,采用实时荧光定量聚合酶链式反应（real time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR）检测 HCC 细胞中 lncRNA CYTOR、miR-125b-5p和KIAA1522的表达,并筛选实验细胞。免疫组化检测KIAA1522在HCC组织及癌旁正常组织中的表达情况。采用双荧光素酶报告基因检测试验证实lncRNA CYTOR、miR-125b-5p和KIAA1522间的调控关系。之后,利用CCK-8细胞增殖毒性检测试剂盒（Cell Counting Kit-8,CCK-8）检测不同转染条件下HCC细胞的增殖情况,采用流式细胞仪分析转染后HCC细胞周期的变化,使用脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法（terminal-deoxynucleotidy l transferase mediated nick end labeling,TUNEL）观察转染后 HCC 细胞的凋亡情况;并通过蛋白免疫印迹实验（western blot,WB）分析检测细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡等相关蛋白的表达。结果:转染后,相较于HHL-5细胞,Hep3b细胞中上述基因的表达均是最为显着的,故选择Hep3b细胞进行下一步实验。双荧光素酶报告基因检测实验的结果显示miR-125b-5p mimic+CYTOR-wt 共转染组和miR-125b-5p mimic+KIAA1522-wt 共转染组Hep3b细胞的荧光素酶活性显着降低;lncRNA CYTOR可直接作用于miR-125b-5p,而miR-125b-5p可直接靶向KIAA1522。CCK-8实验结合WB检测结果显示敲低lncRNACYTOR抑制了 HCC细胞的增殖,并下调了 Ki-67和PCNA的蛋白表达;抑制miR-125b-5p或KIAA1522的过度表达则促进了细胞的增殖并上调了 Ki-67和PCNA的蛋白表达。流式细胞仪分析结合WB检测结果显示敲低lncRNA CYTOR 降低了 S期及G2/M期比值,下调了 cyclin D1及cyclin E等蛋白的表达而上调了 p21表达;抑制miR-125b-5p或KIAA1522的过度表达则升高了 S期及G2/M期比值,并上调了 cyclin D1等蛋白的表达并下调了 p21表达。TUNEL细胞凋亡检测结合WB检测提示敲低lncRNA CYTOR可促进Hep3b细胞凋亡,下调Bcl-2的表达同时上调 Bax 的表达及 cleaved caspase3/caspase 3、cleaved caspase9/caspase 9;而抑制miR-125b-5p或KIAA1522的过表达则抑制Hep3b细胞凋亡,上调Bcl-2的表达并下调 Bax 的表达及 cleaved caspase 3/caspase 3、cleaved caspase 9/caspase 9。结论:综上所述,HCC中过表达的lncRNA CYTOR可通过靶向抑制miR-125b-5p进而上调KIAA1522的表达水平,促进HCC细胞增殖、影响细胞周期并抑制细胞凋亡。本研究为肝细胞癌的发生机制注入了新的见解。
刘涛[6]（2021）在《长链非编码RNA RASSF8-AS1竞争性结合miR-664b-3p调控TLE1表达影响喉鳞状细胞癌的发生发展过程》文中进行了进一步梳理喉癌是耳鼻喉科最常见的恶性肿瘤之一,其主要病理类型为喉鳞状细胞癌（laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC）。根据其原发部位的不同,主要分为声门型、声门上型和声门下型喉癌,声门型喉癌最为常见。2018年,全世界喉癌的新发病例是177,422例,约占总的全身恶性肿瘤新发病例的1%左右,其导致的死亡病例为94,771例,且近年来,全球的喉癌发病率在逐年上升。随着人们对生活质量要求的不断提升和科学技术的发展,人们对于喉功能保留、重建有了更高的向往与追求,喉癌的治疗方案也在不断的丰富和改进。然而,最新的调查显示喉癌患者的总体生存率并没有得到明显提升,甚至有下降的趋势,晚期喉癌的预后仍不甚理想。临床上,复发和转移成为限制喉癌患者预后的主要因素,大约有60%的患者在确诊时已经到了晚期。因此,探讨研究喉鳞状细胞癌发生发展的分子机制已尤为重要。近些年来,随着科学技术的不断发展,研究人员发现在人类的RNA中只有不到2%的RNA能够进行编码蛋白质,多数RNA难以编码蛋白质,这类不能编码蛋白质的基因称为非编码RNA（non-codingRNA,ncRNA）。长链非编码RNA（long non-codingRNA,lncRNA）是非编码RNA的一类,它的长度大于200个核苷酸,它能在转录调控层面及转录后调控层面参与调控肿瘤的发生与发展,同时它与肿瘤的浸润及转移等密切相关。本研究通过对表达谱基因芯片进行分析,筛选出了LSCC组织与其临近正常组织中具有差异性表达的lncRNAs,其中lncRNA RASSF8-AS1在喉癌组织中表达显着下调,这引起了我们的关注。微小RNA（microRNA,miRNA）是一类含有18-25个核苷酸的的非编码RNA,它可以通过与它的靶向mRNA分子的3’UTR（3’untranslated region,3’非编码区）特异性的结合,抑制mRNA的合成或直接将其降解掉,在转录以及转录后水平参与基因的调控。近些年,lncRNA与miRNA相互作用的研究备受关注,特别是竞争性内源RNA（competitive endogenousRNA,ceRNA）机制尤其成为人们现在研究的热点问题,为阐明两者之间的关系提供了一种新的思路。IncRNA能够作为ceRNA分子,竞争性的结合特定的某个或多个miRNA,从而减少miRNA对其下游靶基因的调控作用。本实验旨在探讨RASSF8-AS1通过竞争性结合miR-664b-3p,进而调节I型分裂蛋白转导素样增强子（Transducin-like enhancer of split 1,TLE1）的表达,从而影响喉鳞状细胞癌的恶性生物学行为,这样的一种分子机制。主要研究内容和结果如下:第一部分RASSF8-AS1的筛选及其在喉鳞状细胞癌中的表达情况目的:运用表达谱基因芯片分析技术,筛选出LSCC癌组织与其临近正常组织中表达具有差异性的lncRNAs,选取表达下调的lncRNA RASSF8-AS1作为研究对象,分析RASSF8-AS1在喉鳞状细胞癌组织及细胞中的表达水平,并分析其表达水平与LSCC患者临床病理特征是否存在相关性。方法:1.对4例LSCC患者的喉癌组织及其对应的临近正常组织进行表达谱芯片检测,筛选出差异表达的lncRNAs。2.采用荧光定量反转录聚合酶链反应（quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction,q RT-PCR）技术检测RASSF8-AS1在72例LSCC患者癌组织及其对应的临近正常组织中的差异性表达情况。3.采用q RT-PCR技术检测RASSF8-AS1在4株LSCC细胞系TU686、TU177、TU212以及AMC-HN-8以及正常对照组中的差异性表达情况。4.通过基因表达谱相互作用分析网站（Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA）分析RASSF8-AS1在多种肿瘤组织及其正常对照组中的差异性表达情况。5.对RASSF8-AS1在喉癌患者组织中的的相对表达量与其临床病理学特征,如TNM临床分期、病理分化程度、颈部淋巴结有无转移、年龄、吸烟以及饮酒等进行相关性分析。结果:1.表达谱芯片分析技术筛选出（Fold change≥2）3073个差异表达的lncRNA,这其中有1967个lncRNA在LSCC组织中表达上调,有1106个在LSCC组织中表达下调。2.从上述差异基因中选择RASSF8-AS1作为研究对象,q RT-PCR结果显示在72例喉鳞状细胞癌患者癌组织中RASSF8-AS1的相对表达量显着低于其相对应的临近正常组织。（t=5.615,P<0.01）。3.RASSF8-AS1在TU686细胞系中的相对表达量显着低于正常对照组（P<0.01）,同样在TU177细胞（P<0.01）、TU212细胞（P<0.01）以及AMC-HN-8细胞中（P<0.01）也得出相同结果。4.GEPIA分析结果显示:RASSF8-AS1在多种肿瘤瘤组织中的表达量较正常组织中的显着降低。5.RASSF8-AS1在LSCC癌组织中的表达量与LSCC患者的TNM临床分期、病理分化程度和颈部淋巴结转移密切相关,其在低分化组、伴有淋巴结转移组以及TNM分期的Ⅲ、Ⅳ期组中呈现低表达（P<0.05）,而与患者的年龄、有无饮酒及吸烟无明显相关性（P>0.05）。第二部分RASSF8-AS1对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响目的:通过体外实验,探讨RASSF8-AS1对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响。方法:1.构建RASSF8-AS1的过表达载体pc DNA3.1-RASSF8-AS1,并将其与空载质粒pc DNA3.1分别转染LSCC细胞系TU686和TU177细胞中去,并采用q RT-PCR的方法检测过表达效率。2.在体外细胞实验中,设置pc DNA3.1-RASSF8-AS1以及pc DNA3.1两组,采用Transwell小室迁移、侵袭实验来验证以上两组对LSCC癌细胞迁移以及侵袭能力影响。3.在体外细胞实验中,设置pc DNA3.1-RASSF8-AS1以及pc DNA3.1两组,采用MTS以及克隆形成实验验证以上两组对LSCC癌细胞增殖能力影响。结果:1.LSCC细胞系TU686和TU177分别转染过表达质粒pc DNA3.1-RASSF8-AS1或空载pc DNA3.1后,利用q RT-PCR检测,目的基因表达量明显高于空载质粒组（P<0.01）,过表达RASSF8-AS1的细胞株建立完成。2.体外细胞实验:Transwell小室迁移以及侵袭实验证明转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1后LSCC细胞系TU686和TU177细胞的迁移以及侵袭能力均较转染pc DNA3.1组显着降低,且结果有统计学差异（P<0.01）。3.体外细胞实验:MTS以及细胞克隆实验证明转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1后LSCC细胞系TU686和TU177细胞的增殖能力均较转染pc DNA3.1组显着降低,且结果有统计学差异（P<0.01）。第三部分RASSF8-AS1靶向miRNA的选择、鉴定及miR-664b-3p对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响目的:探讨RASSF8-AS1与靶向miRNA（miR-664b-3p）之间的调控关系,以及miR-664b-3p对LSCC细胞生物学功能的影响。方法:1.利用细胞浆、核RNA分离试剂盒,分别提取LSCC细胞系AMC-HN-8、TU177、TU212以及TU686的细胞核以及细胞浆RNA,用q RT-PCR的技术方法检测RASSF8-AS1的亚细胞定位。2.通过生物学信息预测软件Target Scan（http://www.targetscan.org/）以及DIANA（http://www.microrna.gr/micro TCDS）预测RASSF8-AS1的靶向miRNA,并确定其结合位点。3.构建pmir GLO-RASSF8-AS1-WT和pmir GLO-RASSF8-AS1-MUT型质粒,应用双荧光素酶报告基因实验在TU177细胞及工具细胞293T中验证RASSF8-AS1与miR-664b-3p两者之间的靶向结合关系。4.在喉癌细胞系TU177中应用基于MS2结合序列-MS2结合蛋白（MS2bs-MS2bp）的RNA免疫共沉淀技术（RIP）进一步验证RASSF8-AS1与miR-664b-3p之间的结合关系。5.通过q RT-PCR的技术方法检测在LSCC细胞系TU686以及TU177中分别转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1以及pc DNA3.1后miR-664b-3p表达量的变化情况。6.应用Pearson方法对72例喉癌患者癌组织中RASSF8-AS1以及miR-664b-3p的相对表达量进行相关性分析。7.通过q RT-PCR的技术方法验证miR-664b-3p在72例LSCC患者癌组织及其相对应的临近正常组织中的表达量的差异性情况。8.合成miR-664b-3p的类似物miR-664b-3p-mimic及抑制物miR-664b-3p-inhibitor,并将它们分别转染到LSCC细胞系TU686和TU177中,采用q RT-PCR的技术方法检测miR-664b-3p的表达量。9.采用Transwell小室迁移、侵袭实验验证上调及下调miR-664b-3p后对LSCC癌细胞迁移以及侵袭能力的影响。采用MTS以及克隆形成实验验证上调及下调miR-664b-3p后对LSCC癌细胞增殖能力的影响。10.采用Transwell小室迁移、侵袭实验以及MTS实验、克隆形成实验检测LSCC细胞系TU686及TU77中转染miR-664b-3p-mimic,及共转染miR-664b-3p-mimic+pc DNA3.1-RASSF8-AS1后对LSCC细胞迁移、侵袭以及增殖能力的影响。结果:1.RASSF8-AS1在TU177、TU686、TU212以及AMC-HN-8,4株喉癌细胞系的细胞核、浆中都有表达,在浆中的表达量略多于核中。2.通过生物信息学预测显示miR-664b-3p与RASSF8-AS1具有潜在的结合位点,并分析出其结合位点。3.双荧光素酶报告基因实验结果显示在TU177细胞及工具细胞293T中与共转染NC质粒比较,共转染pmir GLO-RASSF8-AS1-WT质粒及miR-664b-3p-mimic可显着降低荧光素酶的活性（P<0.01）,与此相反,共转染了pmir GLO-RASSF8-AS1-WT型质粒和miR-664b-3p-inhibitor之后荧光素酶的活性得到了明显增强（P<0.01）,当对pmir GLO-RASSF8-AS1-WT进行突变后,各组的荧光素酶活性没有明显变化（P>0.05）。4.RNA免疫共沉淀技术（RIP）实验结果显示,转染了pc DNA3.1-RASSF8-AS1-MS2（12x）质粒组所富集的miR-664b-3p含量显着高于转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1-MS2（12x）-MUT质粒组,两者之间的q RT-PCR结果具有统计学差异（P<0.01）。5.q RT-PCR结果显示,在LSCC细胞系TU686以及TU177中分别转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1及pc DNA3.1后对miR-664b-3p的表达量进行比较,发现过表达RASSF8-AS1后与对照组相比miR-664b-3p的表达明显降低,结果具有统计学差异（P<0.01）。6.Pearson统计分析结果显示在72例喉癌患者癌组织中RASSF8-AS1与miR-664b-3p的相对表达量密切相关,且两者成负相关（r=-0.5099,P<0.01）。7.miR-664b-3p在72例喉鳞状细胞癌患者癌组织中的表达量显着高于其相对应的临近正常组织。（t=4.542,P<0.01）。8.q RT-PCR结果显示,转染miR-664b-3p-mimic可有效上调miR-664b-3p在LSCC细胞系TU686及TU177中的表达水平,而在转染miR-664b-3p-inhibitor可显着下调miR-664b-3p在LSCC细胞系TU686及TU177中的表达水平（P<0.01）。9.体外实验证实,过表达miR-664b-3p可显着促进LSCC细胞系TU686及TU177的迁移、侵袭以及增殖的能力（P<0.01）,下调miR-664b-3p可明显抑制TU686及TU177细胞的迁移、侵袭以及增殖的能力（P<0.01）。10.在TU686及TU177细胞中,共转染RASSF8-AS1后部分逆转了过表达miR-664b-3p对TU686及TU177细胞的迁移、侵袭以及增殖能力的促进作用。（P<0.01）第四部分miR-664b-3p在喉鳞癌中靶向调控的mRNA筛选、鉴定以及TLE1对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响目的:探讨miR-664b-3p与其靶向mRNA:TLE1两者之间的调控关系,以及TLE1对LSCC细胞生物学功能的影响。方法:1.通过生物学信息预测软件Target Scan（http://www.targetscan.org/）以及DIANA（http://www.microrna.gr/micro TCDS）预测miR-664b-3p的靶向mRNA,并确定其结合位点。2.分别转染miR-664b-3p-mimic以及miR-664b-3p-inhibitor到LSCC细胞系TU686和TU177中,采用q RT-PCR的技术方法检测上调以及下调miR-664b-3p后TLE1在mRNA水平表达量的变化情况。3.分别转染miR-664b-3p-mimic以及miR-664b-3p-inhibitor到LSCC细胞系TU686和TU177中,采用western blot的方法检测上调以及下调miR-664b-3p后TLE1的蛋白水平的变化情况。4.采用q RT-PCR技术检测TLE1在72例LSCC患者癌组织及其对应的临近正常组织中的表达情况。5.应用Pearson相关统计方法对72例喉癌患者癌组织中TLE1以及miR-664b-3p的相对表达量进行相关性分析。6.构建pmir GLO-TLE1-WT以及pmir GLO-TLE1-MUT型质粒,在TU177细胞及293T细胞中,应用双荧光素酶报告基因实验对TLE1以及miR-664b-3p两者之间的结合关系进行验证。7.通过q RT-PCR的技术方法验证上调RASSF8-AS1后TLE1在LSCC细胞系TU686及TU177细胞中的表达量的变化。8.分别转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1以及pc DNA3.1到LSCC细胞系TU686和TU177中,采用western blot的技术方法检测上调RASSF8-AS1后TLE1的蛋白水平的变化情况。9.采用Transwell小室迁移、侵袭实验以及MTS实验、克隆形成实验检测LSCC细胞系TU686及TU77中转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1,及共转染sh-TLE1+pc DNA3.1-RASSF8-AS1后对LSCC细胞迁移、侵袭以及增殖能力的影响。结果:1.通过生物信息学预测显示miR-664b-3p与TLE1具有潜在的结合位点,并分析出其结合位点。2.q RT-PCR结果显示,在LSCC细胞系TU686以及TU177中分别转染miR-664b-3p-mimic及miR-664b-3p-inhibitor后对TLE1的表达量进行比较,发现上调miR-664b-3p后与正常对照组相比TLE1的表达明显下降,而下调miR-664b-3p后,TLE1的表达明显增加,且结果具有统计学差异（P<0.01）。3.Western blot结果显示,在LSCC细胞系TU686以及TU177中分别转染miR-664b-3p-mimic及miR-664b-3p-inhibitor后对TLE1的蛋白表达量进行比较,发现过上调miR-664b-3p后与正常对照组相比TLE1的蛋白表达水平明显下降,而下调miR-664b-3p后TLE1的蛋白量水平明显增加,且结果具有统计学差异（P<0.01）。4.TLE1在72例喉鳞状细胞癌患者癌组织中的表达量显着低于其相对应的临近正常组织（t=5.345,P<0.01）。5.Pearson统计分析结果显示在72例喉癌患者癌组织中TLE1与miR-664b-3p的相对表达量密切相关,且两者成负相关（r=-0.4906,P<0.01）。6.双荧光素酶报告基因实验结果显示在TU177细胞及293T细胞中,与共转染NC质粒比较,共转染pmir GLO-TLE1-WT质粒及miR-664b-3p-mimic可显着降低荧光素酶的活性（P<0.01）,与此相反,共转染了pmir GLO-TLE1-WT型质粒和miR-664b-3p-inhibitor之后荧光素酶的活性得到了明显增强（P<0.01）,当对pmir GLO-TLE1-WT进行突变后,各组的荧光素酶活性没有明显变化（P>0.05）。7.q RT-PCR结果显示:分别pc DNA3.1-RASSF8-AS1及pc DNA3.1到LSCC细胞系TU686及TU177中去,发现转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1后可显着上调LSCC细胞系TU686及TU177中TLE1的mRNA水平的表达,且结果具有统计学差异（P<0.01）。8.Western blot结果显示:将pc DNA3.1-RASSF8-AS1及pc DNA3.1分别转染到TU686及TU177细胞中去,转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1后可显着提高LSCC细胞系TU686及TU177中TLE1的蛋白表达水平,且结果具有统计学差异（P<0.01）。9.在TU686及TU177细胞中,共转染sh-TLE1后部分逆转了pc DNA3.1-RASSF8-AS1对TU686及TU177细胞的迁移、侵袭以及增殖能力的抑制作用。结论:1.在喉鳞状细胞癌组织以及细胞中,RASSF8-AS1表达显着下调,且RASSF8-AS1在癌组织中的表达量与LSCC患者的TNM临床分期、病理分化程度和颈部淋巴结转移密切相关。2.过表达RASSF8-AS1可以抑制LSCC细胞的迁移、侵袭以及增殖能力,这提示RASSF8-AS1参与了喉鳞癌的进展过程。3.RASSF8-AS1与miR-664b-3p在LSCC中的表达呈负相关性,且过表达RASSF8-AS1会减弱miR-664b-3p的促癌作用。4.RASSF8-AS1通过miR-664b-3p调控TLE1的表达,进而抑制LSCC细胞的体外迁移、侵袭以及增殖的能力。
李卫[7]（2021）在《基于长链非编码RNA的结直肠癌竞争性内源RNA网络构建及预后分析》文中研究表明第一部分基于TCGA数据库鉴定结直肠癌lnc RNA、mi RNA及m RNA的差异表达及预后相关基因目的:研究结直肠癌组织中lnc RNA、mi RNA及m RNA的差异表达情况,并进一步筛选影响结直肠癌患者预后的RNA,寻找结直肠癌潜在的生物标志物。方法:1.下载TCGA数据库结直肠癌患者转录组数据及其临床病理数据。2.利用R语言中的edge R程序包,分别对lnc RNA、mi RNA及m RNA表达矩阵进行癌症样本与正常样本的差异表达分析。3.利用结直肠癌差异表达m RNA,采用R语言clusterprofiler包进行GO及KEGG通路富集分析。4.将差异表达的DElnc RNA、DEmi RNA及DEm RNA进行单因素Cox回归分析和log-rank检验并绘制Kaplan–Meier生存曲线,筛选结直肠癌预后相关RNA。结果:1.通过癌症样本与正常样本间的差异表达分析,筛选得到1275个DElnc RNA、343个DEmi RNA及3197个DEm RNA。2.利用clusterprofiler包对3197个DEm RNA进行GO及KEGG通路富集分析,共富集得到1247个GO条目及57条KEGG信号通路,大多数信号通路与癌症发生及发展相关。3.通过单因素Cox分析及log-rank检验,最终确定21个DElnc RNA、15个DEmi RNA和53个DEm RNA与结直肠癌预后显着相关。小结:1.在结直肠癌的发生及发展过程中lnc RNA、mi RNA及m RNA的异常表达均起到了重要作用。2.lnc RNA、mi RNA及m RNA都可以显着影响结直肠癌患者的预后,同时也是结直肠癌患者诊断及治疗的潜在分子标志物。第二部分结直肠癌竞争性内源RNA网络构建及预后模型分析目的:基于结直肠癌lnc RNA、mi RNA及m RNA差异表达结果,构建竞争内源RNA（ce RNA）网络,利用网络内RNA分别建立lnc RNA、mi RNA及m RNA预后模型,结合临床病理资料建立列线图,并对列线图模型预测效能进行深入评价。方法:1.采用生物信息学方法对结直肠癌差异表达的lnc RNA、mi RNA及m RNA相互作用关系进行预测,经过仔细的匹配最终确定构建ce RNA网络的lnc RNA-mi RNA和mi RNA-m RNA调控关系。用Cytoscape软件用于构建ce RNA调控网络。2.使用Cox回归分析分别构建ce RNA网络中的lnc RNA、mi RNA和m RNA预后预测模型,并对模型准确性进行评价。3.结合TCGA数据库结直肠癌临床病理资料及lnc RNA、mi RNA和m RNA预后预测模型构建列线图,采用校准曲线及决策曲线来评估列线图预测的准确性。结果:1.有291个lnc RNA、137个mi RNA和325个m RNA纳入到ce RNA网络中,其中lnc RNA-mi RNA关系对1743个、mi RNA-m RNA关系对656个。2.利用Cox回归分析分别构建了包含15个lnc RNA,11个mi RNA和6个m RNA的预后预测模型,ROC曲线分析显示模型都有较高的预测效能。3.采用逐步多因素Cox回归分析构建包含三种RNA预测模型及临床病理资料的列线图,一致性系数（C-index）为0.864,校准曲线及决策曲线表明我们的列线图有较高的准确性和应用价值。小结:1.我们利用差异表达的lnc RNA、mi RNA及m RNA采用生物信息学方法建立了结直肠癌ce RNA调控网络。2.基于该网络建立的lnc RNA、mi RNA及m RNA模型在预后预测方面有很高的准确性。3.结合了结直肠癌临床病理资料和lnc RNA、mi RNA及m RNA预测模型的列线图进一步提高了结直肠癌患者预后预测的准确性,有一定的临床应用价值。第三部分长链非编码RNA KCNQ1OT1作为结直肠癌新的预后标志物的研究目的:从生物信息学角度探究lnc RNA KCNQ1OT1作为结直肠癌新的预后预测标志物的应用价值。方法:1.利用TCGA及GSE39582数据集中结直肠癌样本计算KCNQ1OT1在癌组织及正常组织中差异表达情况,同时明确其表达量与临床分析及预后的相关性。2.采用单因素及多因素Cox回归分析确定结直肠癌患者预后的独立危险因素。3.利用TCGA数据库结直肠癌m RNA表达矩阵,按KCNQ1OT1表达水平分为高表达及低表达组,应用GSEA软件进行通路富集分析。结果:1.KCNQ1OT1在结直肠癌组织中表达量明显高于癌旁正常组织（P<0.05）。2.KCNQ1OT1表达量与结直肠癌分期及淋巴结转移成正相关,KCNQ1OT1高表达组生存时间明显短于低表达组。3.KCNQ1OT1高表达是结直肠癌患者预后差的独立危险因素。4.KCNQ1OT1表达上调会影响癌症相关通路,从而促进结直肠癌的发生及发展。小结:1.KCNQ1OT1在结直肠癌中稳定高表达,且与结直肠癌的临床病理分期及预后有明确相关性,KCNQ1OT1高表达是结直肠癌患者预后差的独立危险因素。2.GSEA富集分析发现KCNQ1OT1与多条癌症相关通路激活有关。3.KCNQ1OT1可以作为结直肠癌的新的标志物,但其分子生物学机制仍需进一步研究。第四部分长链非编码RNA KCNQ1OT1在结直肠癌中生物学功能的研究目的:研究验证lnc RNA KCNQ1OT1在结直肠癌组织中的表达情况,探讨KCNQ1OT1敲低对结直肠癌细胞株增殖、迁移及侵袭能力的影响。方法:1.采用Real-time PCR法检测40对我院结直肠癌组织和其配对的癌旁正常组织的KCNQ1OT1的表达水平。2.KCNQ1OT1-si RNA（实验组）、si RNA-NC（阴性对照组）及Blank（空白对照组）培养48h后,检测结肠癌细胞株SW480中KCNQ1OT1的表达情况,验证转染效果。3.通过Transwell小室来检测转染KCNQ1OT1-si RNA、si RNA-NC及Blank中结肠癌细胞的迁移、侵袭情况。4.应用划痕实验检测KCNQ1OT1-si RNA、si RNA-NC及Blank中的结肠癌细胞的划痕愈合能力。5.集落形成实验,分析KCNQ1OT1介导的SW480细胞集落形成能力的影响。结果:1.KCNQ1OT1在结直肠癌组织（中位数=0.07588）中的表达水平显着高于癌旁正常组织（中位数=0.01179）,差异有统计学意义（P=0.014）。2.克隆形成实验表明,和阴性对照组相比,KCNQ1OT1敲低可显着减少SW480细胞的集落形成能力。3.Transwell迁移小室实验结果显示,下调KCNQ1OT1的表达可使每个高倍镜视野下SW480细胞数明显减少,KCNQ1OT1敲低明显抑制了SW480细胞迁移能力。4.划痕实验结果显示,下调KCNQ1OT1的表达可以明显降低划痕愈合率,两者之间存在统计学差异。KCNQ1OT1敲低明显抑制了SW480细胞的侵袭能力。小结:1.在结直肠癌中KCNQ1OT1的表达明显上调。2.在结肠癌细胞SW480中下调KCNQ1OT1可抑制细胞的增殖、集落形成、侵袭。3.KCNQ1OT1在结直肠癌中发挥致癌作用,可以作为结直肠癌新的预后标志物。
刘婕婷[8]（2021）在《胶质母细胞瘤诊断预后标记物筛选及其验证的实验研究》文中研究表明目的胶质瘤是中枢神经系统最常见的肿瘤,而WHO IV级的胶质母细胞瘤（glioblastoma multiforme,GBM）又是胶质瘤中最高发的类型。70%-80%的胶质母细胞瘤患者病程介于3-6个月,其5年生存率不到10%。尽管近年来显微外科手术+局部精准放疗+术后靶基因治疗的综合治疗模式已在很大程度上改善了患者的预后,但由于肿瘤高度的增殖能力、浸润性生长、化疗药物“替莫唑胺”的早期耐受、微血管增生以及相关致病基因突变等多种因素的影响,患者的预后仍然较差。研究发现,肿瘤组织基因型的差异,会对患者的预后产生不同的影响。2016年WHO已将IDH突变、1p/19q缺失、MGMT启动子甲基化等肿瘤的分子病理学特征更精确地用于胶质瘤的分级分类中,因此,胶质瘤基因标记物的研究为细化其分子诊断并改善患者预后提供了新的药物靶点选择。基于此,本研究通过文献计量学方法可视化胶质母细胞瘤基因标记物研究的现状及热点,通过生物信息学方法筛选东、西方人均适用的胶质母细胞瘤诊断及预后标记物,最后通过分子生物学方法验证筛选标记物的表达情况,探索影响胶质瘤细胞生存的生物学机制以及与患者预后的相关性,以期为临床诊疗提供理论依据。方法（1）文献计量学分析:检索主要数据库,获取胶质母细胞瘤基因标记物研究文献,根据纳入排除标准筛选文献,利用书目共现系统分析软件（Bibliographic Item Co-Occurrence Mining System,BICOMS）对纳入研究的关键词、作者、国家和地区、研究机构、发表时间和期刊等信息进行提取和整理,对作者、研究机构、国家和地区及关键词生成合作网络图和聚类网络图,整理差异表达基因的HR值及95%CI。（2）生物信息学分析:从TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库得到GBM患者样本的表型信息、基因表达、生存数据,从GTEx（The Genotype-Tissue Expression）数据库筛选正常样本的表型信息和基因表达数据,并进行标准化。从CGGA（Chinese glioma genome atlas）数据库下载693和325数据集中患者信息。利用差异表达分析、单变量Cox比例风险回归和LASSO（least absolute shrinkage and selection operator）方法筛选GBM患者预后相关基因,计算预后指数（prognosis index,PI）,创建K-M（Kaplan-Meier）生存曲线和ROC（the time-dependent receiver operating characteristic）曲线分析PI模型的预测效果。通过多变量Cox比例风险回归比较预后指数与其他临床因素的预后价值。利用GO（Gene ontology）基因功能分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）富集分析预后基因的生物学功能。通过单变量、多变量Cox比例风险回归、K-M曲线和ROC曲线分析,将在TCGA中筛选的预后相关基因在CGGA＿325和CGGA＿693数据集中验证。（3）实验室检测:q RT-PCR（实时荧光定量PCR）、Western Blot、免疫组织化学检测各级别胶质瘤患者肿瘤组织和正常脑组织中筛选的预后相关基因表达量;沉默A172胶质瘤细胞株的FN1、HSPA5基因;MTT、流式细胞术和Transwell小室迁移实验分别检测沉默FN1、HSPA5基因对A172胶质瘤细胞株增殖、凋亡和迁移的影响;q RT-PCR与Western blot检测沉默FN1、HSPA5基因对A172胶质瘤细胞株Bax、Bcl-2、MMP9和Ecadherin表达的影响。随访胶质母细胞瘤患者的PFS（Progression-Free Survival）和OS（Overall Survival）,通过单变量、多变量Cox比例风险回归、K-M曲线分析基因表达差异对患者预后的影响,并分析基因差异表达与患者临床病理参数的相关性。结果（1）胶质母细胞瘤基因标记物研究现状和热点:最终纳入1771篇文献,中文123篇,中文研究数量不到外文的1/10。26个省市的116个机构参与了中文文献研究,18个国家的611个机构参与了外文文献研究,省份、国家和机构之间合作有待进一步加强。中文文献239个关键词聚类分析得到5个类别,外文文献2963个关键词聚类分析得到4个类别。中文文献关注的基因标记物中,基于细胞和组织共同关注的有2-HG、CD133、CXCR4、Vimentin、Nestin等。外文文献关注的基因标记物中,组织关注的有271个,细胞关注的有87个,基于数据库的生信关注有900个。细胞、组织和生信共同关注的有VEGF、TGFBI、CD44、COL1A2、COL3A1等。同时,外文文献关注的微小RNA有310个。中文文献关注的信号通路有MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、P53信号通路和Fas/Fas L信号通路。外文文献关注的信号通路有Wnt/β-catenin信号通路、Akt/ERK信号通路、Akt/Fox M1信号通路、ATM/Chk2/p53信号通路、CDK4/6-RB信号通路等。（2）胶质母细胞瘤诊断、预后标记物筛选:按阈值模型,差异表达的基因保留了581个。其中138个高表达,443个低表达,最终筛选出20个m RNAs。其中16个m RNAs（RNF10、MTPN、RTN4、HSPA5、PLD3、GRN、FLII、NDUFB2、DKK3、MAP1LC3A、SERPINE2、TTYH3、SCG5、FN1、TAGLN2、LY6E）为原癌基因,HRs为1.230～2.039,4个m RNAs为抑癌基因（RPS19、EIF3L、EIF4A2、FDPS）,HRs为0.789～0.552。PI的HR为2.653（95%CI 1.976-4.122）（P<0.05）。PI的K-M曲线结果显示,3年和5年的AUC分别为0.824和0.820。差异表达的基因参与8个生物学过程,分别是细胞粘附分子锚定、分子伴侣结合、泛素蛋白连接酶结合、泛素样蛋白连接酶结合、钙粘蛋白结合、翻译起始因子活性、翻译因子活性RNA结合和未折叠蛋白结合。TCGA筛选的20个m RNAs在CGGA的单变量Cox结果表明,4个基因（MTPN、RTN4、MAP1LC3A和DKK3）与OS的相关性不显着,7个基因（LY6E、FLII、PLD3、EIF4A2、RNF10、RPS19和NDUFB2）仅在CGGA＿325中具有统计学意义。其他9个基因（TTYH3、TAGLN2、FN1、HSPA5、EI3L、SCG5、SERPINE2、FDPS和GRN）在CGGA＿693和CGGA＿325中对预后均具有预测效应。SCG5和SERPINE2在CGGA和TCGA中表现出相反的作用,7个基因（TTYH3、TAGLN2、FN1、HSPA5、EI3L、FDPS和GRN）在TCGA和CGGA之间表现出相同的效应（原癌基因或抑癌基因）。20个m RNAs在CGGA的多因素Cox回归分析显示,考虑到其他临床混杂因素,PI仍然是关键预后预测因子。（3）胶质母细胞瘤诊断、预后标记物的实验验证:q RT-PCR与Western blot结果显示,与正常脑组织相比,胶质瘤组织中FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2基因m RNA和蛋白表达量显着升高（P<0.05）,并且随着WHO分级的升高,m RNA和蛋白表达量逐渐升高;免疫组化的结果也显示,与正常脑组织相比,胶质瘤组织中FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2蛋白的阳性表达率显着升高（P<0.05）,随着WHO分级的升高,阳性表达率逐渐升高。在A172细胞株中,与sh FN1-NC（negative control）组和sh HSPA5-NC组相比,sh FN1组、sh HSPA5组细胞24h、48h和72h的增殖率显着降低（P<0.05）、48h的凋亡率显着升高（P<0.05）、48h的迁移细胞数显着降低（P<0.05）,Bax、Ecadherin m RNA、蛋白的表达量显着升高（P<0.05）,Bcl-2和MMP9的m RNA、蛋白表达量显着减少（P<0.05）。与空白组相比,sh FN1-NC组和sh HSPA5-NC组细胞各指标均无显着变化。影响GBM患者PFS的单变量回归分析显示,FN1、HSPA5、TAGLN2、GRN阳性表达组患者PFS中位生存时间和平均生存时间显着降低（P<0.05）;多变量回归分析结果显示,FN1、HSPA5和TAGLN2的表达对GBM患者PFS具有独立影响。影响GBM患者OS的单变量回归分析显示,FN1、HSPA5、TAGLN2、GRN阳性表达患者的OS中位生存时间和平均生存时间显着降低（P<0.05）;多变量回归分析结果显示,FN1、HSPA5、GRN、TAGLN2表达对GBM患者OS具有独立影响（P<0.05）。结论（1）胶质母细胞瘤基因标记物研究的中文文献数量较少,外文文献数量相对较多,但是中外文研究的作者、研究机构和国家的合作还有很大的空间。中文研究主题相对分散,外文研究主题比较集中,但均有拓展的空间,在开展基因标记物组织和细胞研究的同时,更应该关注基因标记物对胶质母细胞瘤患者预后的影响。（2）通过生物信息学分析,20个基因与患者预后相关,分别为RNF10、MTPN、RTN4、HSPA5、PLD3、GRN、FLII、NDUFB2、DKK3、MAP1LC3A、SERPINE2、TTYH3、SCG5、FN1、TAGLN2、LY6E、RPS19、EIF3L、EIF4A2、FDPS。主要参与细胞粘附分子结合、伴侣结合、泛素蛋白连接酶结合等生物学功能,涉及肿瘤的增殖、侵袭、迁移等机制,由其建立的PI预测模型既可有效地预测TCGA中GBM的发病风险,也可预测中国GBM患者的发病风险。（3）20个基因中,在TCGA和CGGA数据库中具有相同表达趋势,且对GBM表现出相同效应的基因有7个,分别为TTYH3、TAGLN2、FN1、HSPA5、EI3L、FDPS和GRN,其中TTYH3、TAGLN2、FN1、HSPA5、GRN为原癌基因,EI3L、FDPS为抑癌基因。这7个基因是东、西方人均适用的胶质母细胞瘤诊断、预后标记物。（4）FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2在胶质瘤组织的高表达可能对胶质瘤的发生发展具有促进作用,FN1、HSPA5的高表达,通过增强肿瘤细胞增殖、抑制凋亡、促进转移,影响其生物学行为,从而促进胶质瘤的进展。（5）FN1、HSPA5、TAGLN2、GRN的高表达,影响胶质母细胞瘤患者的无进展生存期和总生存期,且与胶质母细胞瘤患者的预后呈负相关,可作为胶质母细胞瘤诊断、预后双重标记物,为临床诊疗探索新的治疗靶点提供参考。
姚志强[9]（2021）在《基于生物信息学鉴定CTSV作为膀胱癌诊断和预后的标志物及预后nomogram的构建》文中进行了进一步梳理目的:本研究通过生物信息学探索膀胱癌发生发展过程中的核心基因、生物标志物及潜在治疗的小分子药物。方法:从TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库下载膀胱癌m RNA表达谱数据及临床数据,并从GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载膀胱癌高通量测序表达谱数据集GSE133624,利用R软件limma包进行差异基因（Differentially expressed genes,DEGs）分析。通过Venn Diagram包对两个数据集的差异DEGs取交集并进行可视化,对交集的DEGs进行功能富集分析（Gene Ontology,GO;Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）寻找潜在的作用机制。利用STRING数据库构建蛋白互作网络,然后通过Cytoscape3.8.0软件中的cyto Hubba插件筛选核心基因后进行生存分析和相关性分析,利用Oncomine肿瘤数据库对其m RNA表达水平进行验证。最后使用CMap数据库探索膀胱癌潜在治疗的小分子药物并通过Pub Chem数据库对其结构及分子式予以展示。结果:差异基因分析共获得777个DEGs,包括194个上调基因,583个下调基因。GO分析表明,DEGs参与细胞外基质组织、细胞外结构组织、细胞器裂变、核分裂、肌肉系统过程的调节、轴突生成、涉及有丝分裂的微管细胞骨架组织、染色体分离的调节、纺锤体组装等生物过程。KEGG分析表明,DEGs主要通过血管平滑肌收缩、钙信号通路、细胞周期、c GMP-PKG信号通路、细胞粘附分子、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、Apelin信号通路等调控膀胱癌的进展。此外,筛选出7个与预后显着相关的核心基因（ANLN、CCNB1、CDC20、CTSV、OIP5、IGF1和PLK1）,这些基因之间具有显着的相关性。最后还筛选了5个潜在膀胱癌治疗的小分子药物,包括酚苄明（phenoxybenzamine）、曲古菌素A（trichostatin A）、芹菜素（apigenin）、吲哚酮（GW-8510）和硫基鸟嘌呤（thioguanosine）。结论:本研究结果表明,ANLN、CCNB1、CDC20、CTSV、OIP5、IGF1和PLK1与膀胱癌患者的预后显着相关,其可作为膀胱癌早期诊断和改善预后的标志物以及治疗的分子靶点。c GMP-PKG、PI3K-Akt、Apelin等信号通路在膀胱癌的发生发展中起着关键作用。此外,酚苄明、曲古菌素A、芹菜素、吲哚酮和硫基鸟嘌呤可能是膀胱癌治疗的潜在药物。目的:本研究旨在探讨CTSV（cathepsin V）在膀胱癌中的表达水平及临床意义,构建nomogram预后模型并对其效能进行评价,探究该模型对制定临床治疗方案的指导意义。方法:基于第一部分研究结果,选择CTSV作为靶基因进行本部分的研究。基于TCGA数据库评估膀胱癌组织和癌旁组织中CTSV的表达水平,并利用GEPIA在线数据库、GSE13507数据集、Oncomine数据库以及膀胱癌组织对其表达进行验证。使用Wilcoxon符号秩检验分析CTSV与临床病理特征的相关性。根据CTSV表达的cutoff值（基于R软件中survminer包）将膀胱癌患者分为高表达组和低表达组,并利用logistic回归分析CTSV表达水平与临床病理变量的相关性。使用Kaplan–Meier生存分析比较高CTSV组和低CTSV组间的总生存率。使用Pearson检验分析CTSV与其他预后相关核心基因的相关性。使用STRING数据库构建了一个与CTSV相关的蛋白互作（Protein-protein interaction,PPI）网络,并利用GESA识别CTSV相关的信号通路。然后采用单因素和多因素Cox回归分析CTSV及临床变量与生存的关系。最后基于多因素Cox有意义的因素构建预后nomogram并对其模型进行验证及评价。结果:从TCGA数据库中获得408例膀胱癌样本和19例癌旁组织样本。结果表明,CTSV在膀胱癌中的表达显着高于癌旁组织（P<0.05）,而且高表达CTSV的膀胱癌患者生存时间明显短于低表达CTSV患者（P=0.0062）。CTSV的表达量与性别（P=0.046）,组织学分级（P<0.001）,种族（P=0.0039）和T分期（P=0.043）显着相关。单变量logistic回归分析表明,CTSV的高表达与种族（OR=2.519 for white vs.others）,组织学分级（OR=1.662 for low vs.high）,临床分期（OR=1.589 for I-II vs.III-IV）,状态（OR=1.435 for normal vs.tumor）,T分期（OR=1.589 for T1-2 vs.T3-4）和M分期（OR=4.499 for M0 vs M1）显着相关（P<0.05）。Person相关性分析表明,ANLN（R=0.56）、CCNB1（R=0.46）、CDC20（R=0.53）、OIP5（R=0.5）和PLK1（R=0.53）与CTSV呈正相关（P<0.05）,而ADCY5（R=-0.18）与CTSV呈负相关（P<0.05）。CTSV相关的PPI网络表明,CTSV与CTSL、CTSA、MMP、HLA家族等密切相关。GSEA分析结果表明,在高CTSV表达的表型中,细胞周期、肌动蛋白细胞骨架的调节、紧密连接、细胞基质粘附、Wnt信号通路、MAPK信号通路、细胞粘附分子、JAK-STAT信号通路、胰岛素信号通路等通路显着富集。多因素Cox回归分析显示,年龄（HR:1.033,95%CI:1.016-1.050,P<0.001）、T分期（HR:1.459,95%CI:1.088-1.958,P=0.012）、N分期（HR:1.433,95%CI:1.075-1.909,P=0.014）和CTSV（HR:1.495,95%CI:1.069-2.089,P=0.019）是膀胱癌患者预后的独立危险因素。基于多因素Cox回归有意义的变量构建预后nomogram,1年、3年和5年的ROC曲线下面积分别为0.729、0.701和0.709,内部验证模型的C-index为0.669（95%CI:0.624-0.714）,校准曲线显示生存率预测值与实际值具有较好的校准度,决策曲线分析显示净获益率在35-80%之间都是有用的,该模型具有较好的区分度、一致性和临床实用性。结论:本研究结果表明,CTSV在膀胱癌组织中的表达显着高于癌旁组织,并且CTSV高表达的膀胱癌患者预后更差。高表达的CTSV与晚期临床病理特征显着相关,如病理分级（高级别）、临床分期（III-IV）、T分期（T3-T4）和M分期（M1）。年龄、T分期、N分期和CTSV为影响膀胱癌患者生存的独立危险因素。预后预测nomogram模型具有较好的区分度、校准度和临床效能。
汪丁建[10]（2021）在《生物信息学方法在鼻咽癌生物标志物识别及头颈部鳞状细胞癌风险预测模型中的应用》文中进行了进一步梳理目的鼻咽癌（nasopharyngeal carcinoma,NPC）缺乏早期诊断的生物标志物,许多鼻咽癌患者在被诊断时已经处于鼻咽癌的晚期。因此,有必要为鼻咽癌识别候选生物标志物,从而找到有效的诊断指标并制定更好的治疗策略。方法在GEO（Gene Expression Omnibus）基因表达综合数据库中,下载了关于鼻咽癌的3个微阵列数据集GSE12452,GSE53819和GSE64634,并使用R 3.6.0软件识别出了差异表达基因（Differentially Expressed Genes,DEGs）。在此基础上,对这些差异表达基因进行GO（Gene Ontology）分析、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）富集分析、差异基因火山图和热图的绘制。通过STRING在线网站构建差异基因的蛋白互作（Protein-Protein Interaction,PPI）网络,并使用Cytoscape 3.7.1软件进行后续网络模块的分析及确定枢纽基因（hub gene）。此外,对筛选出来的枢纽基因绘制受试者工作特征曲线（the Receiver Operating Characteristic curve,ROC）,根据ROC曲线下面积的大小（Area under the curve,AUC）来判断其诊断价值。结果纳入的3个微阵列数据集（GSE12452,GSE53819和GSE64634）包含61例鼻咽癌样本及32例健康对照样本。在这3个微阵列数据集中识别出了836个差异表达基因,其中包括349个上调基因和487个下调基因。用STRING在线网站结合Cytoscape3.7.1软件中的MCODE工具识别出了4个重要的基因模块。根据Cytoscape 3.7.1软件中的cytohubba工具在这4个基因模块中,鉴别出六个枢纽基因（CDK1,CCNB1,CCNB2,CCNA2,BUB1B和KIF11）。ROC曲线显示这六个基因作为联合诊断指标的AUC值是0.958,95%CI:0.926-0.973,灵敏度值为0.951,特异度值为0.813,表明这6个基因具有良好的诊断价值。结论基于生物信息学分析,我们鉴别出6个枢纽基因（CDK1,CCNB1,CCNB2,CCNA2,BUB1B和KIF11）,其可作为鼻咽癌诊断的潜在生物标志物。但是还需要进一步的研究来证实该6个基因在NPC发生发展中的作用及其与NPC临床指标间的关系。目的我们旨在使用人类癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库构建一个预测头颈部鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC）预后的多基因预测模型,并分析多基因预测模型与HNSCC临床病理特征之间的关系。方法TCGA数据库里含有502名HNSCC患者的转录组数据。我们将502例患者按照固定的比例随机分为训练集（70%,N=352）和测试集（30%,N=150）。通过R 3.6.0软件在HNSCC组织样本和癌旁正常组织样本中识别出差异表达基因（DEGs）。通过单因素Cox回归筛选出与患者预后相关的DEGs,并根据Lasso回归及多元Cox回归构建多基因预测模型。每位HNSCC患者是根据已构建的预测模型计算其预后风险得分,训练集中352例HNSCC患者的中位风险得分作为临界值,高于此临界值的HNSCC患者被分为高风险组,低于临界值的则分为低风险组,用R 3.6.0软件分别绘制训练集的生存曲线及ROC曲线,并在测试集中予以验证。然后将这502例HNSCC患者的临床信息（主要是年龄、性别、饮酒史、吸烟史、肿瘤分期、HPV状态、放射治疗、总生存-OS及无复发生存-RFS）结合风险得分做单因素和多因素COX回归分析,探讨其预后的影响因素。最后根据卡方检验和Kaplan-Meier（KM）方法分别探索多基因预测模型风险得分与HNSCC患者临床病理特征的关系及评价多基因预测模型在各亚组HNSCC患者预后中的预测效果。结果经过差异表达分析之后识别出1842个DEGs,通过单因素COX回归和Lasso回归最终选择了18个DEGs以构建多基因预测模型。在训练集和测试集中,生存曲线均有统计学意义（P<0.05）,在训练集中ROC曲线中的AUC值为0.816,在测试集中AUC值为0.724。单因素和多因素Cox回归分析均显示HNSCC患者预后的影响因素包含预测模型风险得分、病理分期和放射治疗。卡方检验显示预测模型风险得分与HNSCC患者的年龄、病理分期及HPV状态相关。此外,在各亚组中预后风险得分为低风险组患者的总生存率、无复发生存率整体高于高风险组（P<0.05）。这进一步提示多基因预测模型预测能力较好。结论基于生物信息学分析,我们的研究有望为HNSCC提供新的见解。在临床特征和治疗基础上,本研究构建的十八个基因的预测模型可能有利于指导HNSCC患者的临床个体化治疗和促进预后。
二、生物信息学及其在肿瘤研究中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、生物信息学及其在肿瘤研究中的应用（论文提纲范文）
（1）基于整合大数据的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌上市后评价研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 文献综述 |
| 综述一 复方苦参注射液治疗胃癌的研究进展 |
| 综述二 复方苦参注射液治疗食管癌的研究进展 |
| 参考文献 |
| 前言 |
| 第一章 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌临床评价研究 |
| 第一节 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗胃癌临床评价研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗食管癌临床评价研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二章 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌作用机制研究 |
| 第一节 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗胃癌作用机制研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 基于整合高通量数据分析的食管癌关键基因研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三节 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗食管癌作用机制研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三章 复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌相关作用机制实验研究 |
| 第一节 复方苦参注射液干预胃癌细胞实验研究 |
| 1 仪器与器材 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 第二节 基于蛋白组学的复方苦参注射液治疗胃癌作用机制研究 |
| 1 仪器与器材 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 第三节 复方苦参注射液干预食管癌细胞实验研究 |
| 1 仪器与器材 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在学期间主要研究成果 |
（2）BLM-EZH2相互作用影响前列腺癌细胞增殖的分子机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略表 |
| 文献综述 |
| 1 前列腺癌 |
| 1.1 PCa发病现状 |
| 1.2 PCa形成因素 |
| 1.3 PCa发生发展分子机制 |
| 1.4 PSA与PCa的关系 |
| 2 肿瘤分子标志物与PCa |
| 2.1 肿瘤分子标志物与癌症 |
| 2.2 PCa的肿瘤分子标志物 |
| 2.3 肿瘤标志物在PCa药物靶向治疗中的应用 |
| 3 BLM解旋酶 |
| 3.1 BLM解旋酶的结构与功能 |
| 3.2 BLM解旋酶的细胞生物学功能 |
| 3.3 BLM解旋酶与肿瘤 |
| 4 EZH2 蛋白 |
| 4.1 EZH2蛋白的结构与分子功能 |
| 4.2 EZH2蛋白与肿瘤 |
| 5 BLM、EZH2与PCa |
| 5.1 BLM、EZH2在PCa的靶向研究 |
| 5.2 BLM和EZH2与PCa的相关性分析 |
| 6.本研究的目的意义 |
| 7.研究内容与技术路线 |
| 7.1 研究内容 |
| 7.2 技术路线 |
| 第一章 BLM相互作用蛋白筛选和MS鉴定及BLM/EZH2 的定位 |
| 1 材料 |
| 1.1 主要实验仪器 |
| 1.2 主要实验试剂 |
| 1.3 细胞系 |
| 2 方法 |
| 2.1 细胞培养 |
| 2.2 蛋白提取 |
| 2.3 蛋白含量测定(BCA微孔酶标仪法) |
| 2.4 免疫共沉淀(免疫磁珠法) |
| 2.5 SDS-PAGE电泳 |
| 2.6 Western Blotting检测 |
| 2.7 生物信息学分析 |
| 2.8 原核表达载体构建和蛋白诱导表达 |
| 2.9 原核蛋白提取 |
| 2.10 GST-pull down |
| 2.11 间接免疫荧光 |
| 2.12 高效液相色谱质谱分析 |
| 2.13 数据统计分析方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 BLM蛋白在RWPE-1、PC3、22RV-1、LNcap细胞中的表达 |
| 3.2 免疫沉淀联合质谱分析,筛选与BLM具有互作的蛋白 |
| 3.3 生物信息学分析筛选互作蛋白 |
| 3.4 Co-IP正反向验证BLM与EZH2存在相互作用 |
| 3.5 BLM蛋白与EZH2蛋白体外相互作用验证 |
| 3.6 前列腺癌细胞中BLM与EZH2的亚细胞定位 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第二章 BLM及EZH2蛋白在前列腺癌组织中的表达水平及其关联 |
| 1 材料 |
| 1.1 实验标本 |
| 1.2 主要实验仪器 |
| 1.3 主要实验试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 免疫组化实验 |
| 2.2 生物信息学分析 |
| 2.3 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 BLM和EZH2在癌组织和对照组织中的差异性比较 |
| 3.2 BLM和EZH2在癌组织和对照组织中的表达分布 |
| 3.3 BLM和EZH2在前列腺组织中的表达与临床病理资料相关性分析 |
| 3.4 生物信息学分析前列腺癌组织和正常组织中蛋白表达情况 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第三章 BLM和EZH2干扰对前列腺癌细胞增殖、迁移和侵袭影响 |
| 1 材料 |
| 1.1 实验仪器 |
| 1.2 实验试剂 |
| 1.3 细胞系 |
| 2 方法 |
| 2.1 细胞培养 |
| 2.2 细胞蛋白提取和浓度测定 |
| 2.3 蛋白的WB检测 |
| 2.4 siRNA干扰序列的合成 |
| 2.5 细胞转染 |
| 2.6 细胞存活率检测 |
| 2.7 细胞周期检测 |
| 2.8 细胞侵袭和迁移实验 |
| 2.9 细胞划痕实验 |
| 2.10 细胞克隆形成实验 |
| 2.11 细胞增殖实验(MTS法) |
| 2.12 数据统计分析方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 前列腺癌细胞系的侵袭、迁移和增殖能力检测 |
| 3.2 BLM特异性抑制剂对PC3细胞活性及细胞周期的影响 |
| 3.3 BLM、EZH2和P53蛋白干扰前后在癌细胞中的表达情况 |
| 3.4 干扰BLM和EZH2后对PC3细胞增殖、迁移、侵袭、划痕愈合和克隆形成的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第四章 BLM和EZH2干扰或表达对前列腺癌细胞的影响及其机制 |
| 1 材料 |
| 1.1 实验仪器 |
| 1.2 实验动物 |
| 1.3 细胞系及载体 |
| 1.4 实验试剂及配制方法 |
| 2 方法 |
| 2.1 细胞培养 |
| 2.2 细胞蛋白提取和浓度测定 |
| 2.3 蛋白的WB检测 |
| 2.4 重组质粒的构建 |
| 2.5 ChIP-seq实验 |
| 2.6 双荧光素酶活性的检测 |
| 2.7 裸鼠皮下成瘤实验 |
| 2.8 数据统计分析方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 ChIP-seq实验检测EZH2可能作用的启动子区 |
| 3.2 利用双荧光素酶实验验证EZH2蛋白与MDM2启动子区的结合 |
| 3.3 干扰或过表达BLM和EZH2对PC3细胞P53和MDM2蛋白的影响 |
| 3.4 干扰或过表达BLM和EZH2对PC3细胞增殖、迁移、侵袭、划痕愈合、克隆形成的影响 |
| 3.5 BLM和EZH2相互作用对PC3细胞P53信号通路的影响 |
| 3.6 裸鼠成瘤实验检测BLM和EZH2对PC3细胞成瘤能力的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 结论、创新点及展望 |
| 1.结论 |
| 2.创新点 |
| 3.展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录Ⅰ:在读博士期间取得的科研成果 |
| 附录Ⅱ:论文涉及的试剂配方 |
（3）舌鳞状细胞癌中环状RNA表达谱的鉴定及hsa＿circ＿0125480在舌鳞状细胞癌中功能和机制的初步研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 舌鳞状细胞癌相关circRNAs表达谱的鉴定 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第二部分 舌鳞状细胞癌中关键差异表达circRNAs的挑选及验证 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第三部分 has＿circ＿0125480对舌癌细胞生物学行为的影响 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第四部分 has＿circ＿0125480下游靶基因的预测及其机制初探 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 综述 环状 RNA 在口腔鳞状细胞癌中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（4）生物信息学结合定量蛋白组学筛选胆管癌预后标志物的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略词全称对照表 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 实验材料和方法 |
| 2.1 组织样本和实验材料 |
| 2.1.1 患者的选择和临床样本的收集 |
| 2.1.2 主要生化试剂和抗体 |
| 2.1.3 实验主要仪器 |
| 2.2 胆管癌数据的获取和预处理 |
| 2.3 差异表达基因的鉴定 |
| 2.4 功能与通路分析 |
| 2.5 生存分析和表达验证 |
| 2.6 样品制备和蛋白质定量 |
| 2.7 蛋白质消化和iTRAQ标记 |
| 2.7.1 蛋白质提取和定量 |
| 2.7.2 蛋白标记 |
| 2.7.3 LC-MS/MS分析 |
| 2.7.4 蛋白质鉴定与综合分析 |
| 2.8 组织微阵列(TMA)的制作 |
| 2.9 免疫组织化学(IHC)染色 |
| 2.10 免疫组化结果染色评分 |
| 2.11 数据分析 |
| 第三章 实验结果与结论 |
| 3.1 胆管癌中DEGs的鉴定 |
| 3.2 功能富集分析 |
| 3.3 DEGs 的生存分析和验证 |
| 3.4 差异表达蛋白(DEPs)与差异表达基因(DEGs)数据整合分析 |
| 3.5 ITGAV 和 APOF 在胆总管囊肿和胆管癌组织中的表达情况 |
| 3.6 CASK在 TMA中的表达情况 |
| 3.7 CASK表达与胆管癌患者临床病理特征之间的关系 |
| 3.8 CASK表达与胆管癌患者总生存期之间的关系 |
| 3.9 CASK表达与胆管癌患者无复发生存期之间的关系 |
| 3.10 实验结论 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 不足与展望 |
| 5.1 不足 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 综述:CASK与肿瘤关系的研究进展 |
| 参考文献 |
| 在学期间的研究成果 |
| 致谢 |
（5）长链非编码RNA CYTOR通过调节miR-125b-5p/KIAA1522轴影响肝细胞癌增殖、凋亡和细胞周期的机制研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 第一部分: 应用生物信息学方法筛选新的肝细胞癌相关的lncRNA/miRNA/mRNA调控轴 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 第三章 结果 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分: lncRNA CYTOR/miR-125b-5p/KIAA1522调控轴在肝细胞癌细胞系中的作用 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 第三章 结果 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 非编码RNA在肝细胞癌发生与发展中的调节作用及临床应用(文献综述) |
| 第一章 引言 |
| 第二章 作为ceRNA的ncRNA及其它ncRNA在肝细胞癌发展中的可能作用及机制 |
| 第三章 ncRNA在HCC诊断及预后中的临床应用 |
| 第四章 结论、局限性和展望 |
| 参考文献 |
| 博士期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（6）长链非编码RNA RASSF8-AS1竞争性结合miR-664b-3p调控TLE1表达影响喉鳞状细胞癌的发生发展过程（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 引言 |
| 第一部分 RASSF8-AS1 的筛选及其在喉鳞状细胞癌中的表达情况 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 RASSF8-AS1 对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第三部分 RASSF8-AS1 靶向miRNA的选择、鉴定及miR-664b-3p对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第四部分 miR-664b-3p在喉鳞癌中靶向调控的mRNA筛选、鉴定以及TLE1 对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 长链非编码RNA在头颈部恶性肿瘤中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（7）基于长链非编码RNA的结直肠癌竞争性内源RNA网络构建及预后分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写 |
| 引言 |
| 参考文献 |
| 第一部分 基于TCGA数据库鉴定结直肠癌lncRNA、miRNA及mRNA的差异表达及预后相关基因 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 结直肠癌竞争性内源RNA网络构建及预后模型分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第三部分 长链非编码RNA KCNQ1OT1作为结直肠癌新的预后标志物的研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第四部分 长链非编码RNA KCNQ1OT1在结直肠癌中生物学功能的研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 长非编码RNA介导的竞争性内源RNA网络在结直肠癌中的 研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（8）胶质母细胞瘤诊断预后标记物筛选及其验证的实验研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 中枢神经系统肿瘤的流行病学现状 |
| 1.1.2 胶质母细胞瘤的流行病学、诊断及治疗现状 |
| 1.1.3 胶质母细胞瘤基因标记物研究现状 |
| 1.1.4 胶质母细胞瘤基因标记物研究意义 |
| 1.2 研究目的 |
| 1.2.1 了解胶质母细胞瘤基因标记物研究现状及标记物表达 |
| 1.2.2 筛选胶质母细胞瘤诊断、预后标记物 |
| 1.2.3 验证胶质母细胞瘤诊断、预后标记物 |
| 1.3 研究内容 |
| 1.3.1 胶质母细胞瘤基因标记物研究现状分析 |
| 1.3.2 胶质母细胞瘤诊断、预后标记物的筛选 |
| 1.3.3 胶质母细胞瘤诊断、预后标记物的实验验证 |
| 1.4 研究方法 |
| 1.4.1 文献计量学 |
| 1.4.2 生物信息学 |
| 1.4.3 分子生物学技术及主要统计方法 |
| 1.5 研究技术路线图 |
| 参考文献 |
| 第二章 胶质母细胞瘤基因标记物文献可视化分析 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.1.1 胶质母细胞瘤基因标记物文献可视化分析的必要性 |
| 2.1.2 胶质母细胞瘤基因标记物文献可视化分析技术路线图 |
| 2.2 数据和方法 |
| 2.2.1 数据来源与检索策略 |
| 2.2.2 纳入排除标准及文献筛选 |
| 2.2.3 数据处理及分析方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 文献检索及筛选结果 |
| 2.3.2 时间分布 |
| 2.3.3 国家和地区分布 |
| 2.3.4 机构分布 |
| 2.3.5 期刊分布 |
| 2.3.6 作者分析 |
| 2.3.7 关键词分析 |
| 2.3.8 基因标记物表达分析 |
| 2.3.9 基因标记物生物学功能及通路分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 结论 |
| 参考文献 |
| 第三章 胶质母细胞瘤基因标记物筛选的生物信息学分析 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.1.1 生物信息学简介 |
| 3.1.2 生物信息学在胶质母细胞瘤基因标记物研究的进展 |
| 3.1.3 生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤基因标记物技术路线图 |
| 3.2 数据和方法 |
| 3.2.1 数据来源 |
| 3.2.2 差异表达基因分析 |
| 3.2.3 预后基因筛选 |
| 3.2.4 预后指数模型的构建 |
| 3.2.5 PI及临床混杂因素分析 |
| 3.2.6 生存分析和模型检验 |
| 3.2.7 GO基因富集分析 |
| 3.2.8 筛选基因在CGGA数据集中的验证 |
| 3.2.9 统计分析方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 TCGA胶质母细胞瘤患者肿瘤组织与GTEx数据集中正常脑组织差异表达基因分析 |
| 3.3.2 预后相关基因分析 |
| 3.3.3 PI构建 |
| 3.3.4 临床因素及其与PI的协同作用 |
| 3.3.5 生存分析和模型检验 |
| 3.3.6 GO富集分析结果 |
| 3.3.7 筛选基因在CGGA数据集的验证 |
| 3.3.8 CGGA数据集对模型预后预测能力的验证 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 结论 |
| 参考文献 |
| 第四章 胶质母细胞瘤诊断、预后标记物的实验验证 |
| 4.1 研究背景 |
| 4.1.1 前言 |
| 4.1.2 胶质母细胞瘤诊断、预后标记物验证实验技术路线图 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验试剂耗材和实验仪器 |
| 4.2.2 研究对象 |
| 4.2.3 实时荧光定量PCR组织检测 |
| 4.2.4 Western Blot组织检测 |
| 4.2.5 免疫组织化学检测 |
| 4.2.6 细胞培养及传代 |
| 4.2.7 FN1、HSPA5 沉默载体的构建 |
| 4.2.8 qRT PCR与 Western blot实验对沉默效果的验证 |
| 4.2.9 MTT检测 |
| 4.2.10 流式细胞术凋亡检测 |
| 4.2.11 Transwell小室迁移实验 |
| 4.2.12 实时荧光定量PCR细胞检测 |
| 4.2.13 Western blot细胞检测 |
| 4.2.14 临床随访 |
| 4.2.15 统计分析与处理 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 组织实验结果 |
| 4.3.1.1 患者基线数据 |
| 4.3.1.2 FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2 基因mRNA在各级别胶质瘤中表达 |
| 4.3.1.3 FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2 蛋白在各级别胶质瘤表达的western blot结果 |
| 4.3.1.4 FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2 蛋白在各级别胶质瘤表达的免疫组化结果 |
| 4.3.2 细胞实验结果 |
| 4.3.2.1 FN1、HSPA5基因在细胞中沉默效果的验证 |
| 4.3.2.2 FN1、HSPA5 基因沉默对细胞增殖的影响 |
| 4.3.2.3 FN1、HSPA5 基因沉默对细胞凋亡的影响 |
| 4.3.2.4 FN1、HSPA5 基因沉默对细胞迁移的影响 |
| 4.3.2.5 FN1、HSPA5 基因沉默对细胞Bax、Bcl-2、E-cadhrin、MMP9 mRNA表达的影响 |
| 4.3.2.6 FN1、HSPA5基因沉默对细胞Bax、Bcl-2、E-cadhrin、MMP9蛋白表达的影响 |
| 4.3.3 临床随访结果 |
| 4.3.3.1 随访对象基本信息及基因表达情况分析 |
| 4.3.3.2 影响患者PFS的单变量、多变量Cox回归分析与生存曲线 |
| 4.3.3.3 影响患者OS的单变量、多变量Cox回归分析与生存曲线 |
| 4.3.3.4 基因差异表达与临床病理参数之间的相关性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 结论 |
| 参考文献 |
| 第五章 总结与展望 |
| 5.1 研究结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 研究展望 |
| 附录 |
| 缩略语表 |
| 在学期间的研究成果 |
| 一、发表论文 |
| 二、参与项目 |
| 致谢 |
（9）基于生物信息学鉴定CTSV作为膀胱癌诊断和预后的标志物及预后nomogram的构建（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 基于TCGA和 GEO数据库筛选膀胱癌潜在的生物标志物及小分子药物 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 数据下载和整理 |
| 2.1.2 软件及工具 |
| 2.2 差异表达基因的筛选 |
| 2.3 差异基因功能富集分析 |
| 2.4 蛋白互作网络分析和核心基因的筛选 |
| 2.5 核心基因的生存分析 |
| 2.6 生存相关核心基因的相关性分析 |
| 2.7 生存相关核心基因的表达验证 |
| 2.8 差异基因相关小分子药物的筛选 |
| 2.9 统计学分析 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 差异表达基因的筛选 |
| 3.2 差异基因功能富集分析 |
| 3.2.1 差异基因的GO分析 |
| 3.2.2 差异基因的KGGG分析 |
| 3.3 蛋白互作网络分析和核心基因的筛选 |
| 3.4 核心基因的生存分析 |
| 3.5 生存相关核心基因的相关性分析 |
| 3.6 生存相关核心基因的表达验证 |
| 3.7 差异基因相关小分子药物的筛选 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献Ⅰ |
| 第二部分 CTSV在膀胱癌中的表达、临床意义及预后nomogram的构建和评价 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 数据下载和整理 |
| 2.1.2 膀胱癌组织样本 |
| 2.1.3 软件及工具 |
| 2.2 CTSV在膀胱癌中表达及生存的验证 |
| 2.2.1 公共数据库中的验证 |
| 2.2.2 膀胱癌临床标本组织中的验证 |
| 2.3 CTSV的表达与临床病理变量的相关性 |
| 2.4 CTSV与其他核心基因的相关性分析 |
| 2.5 蛋白质互作网络构建 |
| 2.6 基因集富集分析 |
| 2.7 单因素和多因素Cox生存分析 |
| 2.8 预后nomogram的构建和评价 |
| 2.9 统计学分析 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 在TCGA队列中膀胱癌患者的基线资料 |
| 3.2 膀胱癌患者中CTSV的差异性表达 |
| 3.3 CTSV表达水平及生存的验证 |
| 3.4 在TCGA队列中CTSV的表达与临床病理特征的相关性 |
| 3.5 CTSV与其他基因的相关性分析 |
| 3.6 蛋白质互作网络构建 |
| 3.7 使用GESA识别CTSV相关的信号通路 |
| 3.8 临床病理变量的单因素和多因素生存分析 |
| 3.9 预后预测nomogram的构建 |
| 3.10 预后预测nomogram的验证及评价 |
| 3.10.1 区分度评价及模型的内部验证 |
| 3.10.2 一致性分析 |
| 3.10.3 决策曲线分析 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献Ⅱ |
| 综述 半胱氨酸蛋白酶在肿瘤中的研究进展 |
| 参考文献Ⅲ |
| 中英文缩略词对照表 |
| 在学期间的研究成果 |
| 致谢 |
（10）生物信息学方法在鼻咽癌生物标志物识别及头颈部鳞状细胞癌风险预测模型中的应用（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 研究一 基于生物信息学方法探寻鼻咽癌的潜在生物标志物 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 数据的下载与预处理 |
| 2.2 DEGs的识别 |
| 2.3 GO分析和KEGG富集分析 |
| 2.4 蛋白互作网络构建、模块分析及枢纽基因识别 |
| 2.5 多个枢纽基因作为NPC联合诊断的ROC曲线 |
| 2.6 质量控制 |
| 3 结果 |
| 3.1 DEGs的识别 |
| 3.2 GO分析和KEGG富集分析 |
| 3.3 蛋白互作网络构建、模块分析及枢纽基因识别 |
| 3.4 多个枢纽基因作为NPC联合诊断的ROC曲线 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 研究二 基于生物信息学方法构建头颈部鳞状细胞癌疾病风险预测模型 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 数据的下载与预处理 |
| 2.2 差异表达分析 |
| 2.3 模型中自变量的筛选及多基因预测模型的构建 |
| 2.4 多基因预测模型在测试集中的验证 |
| 2.5 探索HNSCC患者预后的影响因素 |
| 2.6 多基因预测模型风险得分与HNSCC患者临床病理特征的关系 |
| 2.7 多基因预测模型与各亚组HNSCC患者预后的关系 |
| 2.8 统计分析 |
| 2.9 质量控制 |
| 3 结果 |
| 3.1 502 例HNSCC患者的临床信息 |
| 3.2 DEGs的识别及多基因预测模型的构建 |
| 3.3 多基因预测模型在测试集中的验证 |
| 3.4 探索HNSCC患者预后的影响因素 |
| 3.5 多基因预测模型风险得分与HNSCC患者临床病理特征的关系 |
| 3.6 多基因预测模型与各亚组HNSCC患者预后的关系 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 综述 鼻咽癌相关基因的研究进展 |
| 参考文献 |
四、生物信息学及其在肿瘤研究中的应用（论文参考文献）
- [1]基于整合大数据的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌上市后评价研究[D]. 周唯. 北京中医药大学, 2021(02)
- [2]BLM-EZH2相互作用影响前列腺癌细胞增殖的分子机制研究[D]. 阮涌. 贵州大学, 2021(01)
- [3]舌鳞状细胞癌中环状RNA表达谱的鉴定及hsa＿circ＿0125480在舌鳞状细胞癌中功能和机制的初步研究[D]. 陈泽希. 福建医科大学, 2021(02)
- [4]生物信息学结合定量蛋白组学筛选胆管癌预后标志物的研究[D]. 达子健. 兰州大学, 2021(12)
- [5]长链非编码RNA CYTOR通过调节miR-125b-5p/KIAA1522轴影响肝细胞癌增殖、凋亡和细胞周期的机制研究[D]. 胡博. 北京协和医学院, 2021(02)
- [6]长链非编码RNA RASSF8-AS1竞争性结合miR-664b-3p调控TLE1表达影响喉鳞状细胞癌的发生发展过程[D]. 刘涛. 河北医科大学, 2021(02)
- [7]基于长链非编码RNA的结直肠癌竞争性内源RNA网络构建及预后分析[D]. 李卫. 河北医科大学, 2021(02)
- [8]胶质母细胞瘤诊断预后标记物筛选及其验证的实验研究[D]. 刘婕婷. 兰州大学, 2021(09)
- [9]基于生物信息学鉴定CTSV作为膀胱癌诊断和预后的标志物及预后nomogram的构建[D]. 姚志强. 兰州大学, 2021(12)
- [10]生物信息学方法在鼻咽癌生物标志物识别及头颈部鳞状细胞癌风险预测模型中的应用[D]. 汪丁建. 安徽医科大学, 2021(01)